1. RSEM的安裝和使用：

? $ tar -xzf?RSEM-1.3.0.tar.gz

? $ cd?RSEM-1.3.0

? $ make

? $?make ebseq

??$ echo 'PATH=$PATH:/.../' >> ~/.bashrc

? $?source ~/.bashrc

? ? ? ? ? ? ? ?$?extract-transcript-to-gene-map-from-trinity?trinity.fa gene_map （可選，轉錄本和基因都做）

? $?rsem-prepare-reference?--bowtie2?ref_trinity.fasta ref_trinity? ?(I. Preparing Reference Sequences)

? ? ? ? ? ? ? $?rsem-prepare-reference?--transcript-to-gene-map?ene_map?--bowtie2 ref_trinity.fasta ref_trinity（可選，轉錄本和基因都做）

? $?rsem-calculate-expression -p 48 --paired-end --bowtie2 read1.fq read2.fq ref_trinity sample.name? (II. Calculating Expression Values)

? ? ? ? ? ? ? $ rsem-plot-model sample.name sample.name.diagnostic.pdf （可選，看一些統計）

2. 差異表達：

? $?rsem-generate-data-matrix sampleA.results sampleB.results ... > samples.matrix

? $ rsem-run-ebseq?samples.matrix 3,3 dge.result? ? （兩個組，每個組3個重復，如2,,3,3為3個組分別有2/3/3個重復）

? $ rsem-control-fdr?dge.result 0.05?dge.filter.result? ?(controlling the false discovery rate (FDR) at level 0.05) (PostFC is recommended over the RealFC)

轉載于:https://www.cnblogs.com/shawn2018/p/9186087.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的RSEM-Ebseq-差异表达分析-无参的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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