描述

MetaPhlAn是分析從物種水平分辨率宏基因組鳥槍法測序數據的微生物群落（細菌，古細菌，真核細胞和病毒）的組成的計算工具。從版本2.0，MetaPhlAn還能夠確定具體的菌株（在將樣品含有先前測序的菌株的不那么頻繁的情況下），并跟蹤跨越樣品菌株的所有物種。

MetaPhlAn 2依靠?1M唯一的特定分支，標記基因（標記信息文件可以在SRC / utils的/ markers_info.txt.bz2或在這里找到）從?17000的參考基因組鑒定（?13500細菌和古細菌，3500?病毒，和?110真核），使得：

• 明確的分類任務;
• 有機體相對豐度的準確估計;
• 對于細菌，古細菌，真核生物和病毒種級別分辨率;
• 菌種鑒定和跟蹤
• 幅度的加速比的訂單相比現有的方法。
• 宏基因組應變水平的人口基因組學

先決條件

MetaPhlAn需要Python 2.7版或更高argparse，臨時文件和numpy的安裝庫（除了為numpy的，他們通常與蟒蛇分布一起安裝）。現在還支持Python3。

如果提供的SAM輸出BowTie2作為輸入，沒有額外的前提條件。

• 如果您想使用BowTie2集成在MetaPhlAn，你需要有BowTie2版本2.0.0或更高版本和Perl安裝（bowtie2需要在與執行系統路徑和讀權限）

• 如果使用“utils的/ metaphlan_hclust_heatmap.py”的劇本繪制和聚類多MetaPhlAn異形樣本，還需要以下Python庫：matplotlib，SciPy的，pylab（如果不與MatPlotLib一起安裝）。

• 如果要產生輸出為“BIOM”文件，你還需要BIOM安裝

• MetaPhlAn不緊密地與先進的熱圖密謀整合hclust2和進化樹可視化GraPhlAn。如果使用這樣的可視化工具，請參考他們的先決條件。

安裝： clone https://bitbucket.org/biobakery/metaphlan2

基本用法：

?========== MetaPhlAn 2 分支- 豐 估計 =================

========== MetaPhlAn 2 株 跟蹤 ============================
INPUT_FILE 的 輸入 文件 可以 是： * 一個 FASTQ 文件 包含 宏基因組 讀取 或 * 一個 BowTie2 產生的 SAM 文件。 OR * 一個 中介 映射 文件 中 的 宏基因組 產生 由 一個 先前 MetaPhlAn 運行 如果 該 輸入 文件 的 丟失， 該 腳本 假定 是 在 輸入 時 提供 使用 的 標準 輸入， 或 命名 管道。 重要提示： 該 類型 的 輸入 需要 到 被 指定 與 - INPUT_TYPE OUTPUT_FILE 的 選項卡- 分隔 輸出 文件 中 的 預測 分類群 的相對 豐度 [ stdout中 ，如果 不 存在] 必需的 參數： - mpa_pkl MPA_PKL 的 元數據 腌制 MetaPhlAn 文件 - INPUT_TYPE { FASTQ ，FASTA ，multifasta ，multifastq ，bowtie2out ，SAM } 設置 是否 該 輸入 是 在 multifasta 文件 的 宏基因組 讀取 或 將 SAM 文件 中 的 映射 中 的 讀取 反對 在 MetaPhlAn 分貝。 [ 默認的 “ 自動” ， 我。? 。 該 腳本 將 嘗試 以 猜測 的 輸入 格式] ?

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轉載于:https://www.cnblogs.com/ylHe/p/6072717.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的MetaPhlAn 2：宏基因组进化分析的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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