基于PrimerBank和NCBI數據庫的引物查找與設計---生科三班xhs原創，請勿轉載

一、引物數據庫查找：

要設計一個mRNA的qPCR引物，首先應該先看看別人是否已經使用過，可以先在數據庫PrimerBank中查找：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

1 首先我們要得到這個基因的Gene ID，我們在NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）數據庫中查找（以IL-1β為例）：

（1）在 “Gene” 下輸入要查找的目的基因，點擊‘Search’。

（2）找到IL-1β（注意物種對不對），點擊紫色鏈接打開（最好右擊在新標簽頁打開鏈接）。

（3）找到IL-1β的詳細信息，IL-1β的Gene ID為3553。

2 打開PrimerBank網址：https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/

（4）按照下圖將所需信息填入，點擊submit。

（5）上圖為submit后得到的結果，結果為Gene ID 3553的基因的詳細信息，仔細再核對一遍；

（6）如下圖所示，PrimerBank為我們找到的幾條目的基因的qPCR引物，選擇其中1-2條，并進行特異性驗證。

3 再用NCBI 中的Primer-Blast檢驗引物的特異性。以查找到的第一條引物為例：

（7）打開https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/，將需要驗證的上下游引物輸入，調整參數如下圖：

（8）其余參數保持不變。

（9）勾選Show results in a new window, 點擊‘Get Primers’。

（10）得到驗證結果如下圖所示，再根據引物設計原則自行判斷。

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二、NCBI Primer-Blast 引物設計：

（1）打開NCBI網站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，在‘Gene’下搜索‘IL-1β’.

（2）找到如下所需目的基因，點擊紫色鏈接進入（最好右擊打開鏈接）。

（3）打開后得到IL-1β的詳細信息，找到‘NCBI Reference Sequences (RefSeq)’下的‘mRNA and Protein(s)’，找到“NM_000576.2”（GeneBank Accession Number）。

（4）將“NM_000576.2”輸入下面鏈接中的“PCR Template”。

Primer-Blast: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

（5）調整Primer Parameters入下圖所示,

（6）勾選“Primer pair must be separated by at least one intron on the corresponding genomic DNA”，至少包含一個內含子，以避免樣品基因DNA污染。

以上參數保持不變。

（7）勾選“show results in a new window”,點擊“Get Primers”。

（8）等待運算，約3-5 min。

（9）運算結束得到結果，一般會默認給出前10條引物，根據引物設計原則自行選擇。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的ncbi查找目的基因序列_基于PrimerBank和NCBI数据库的引物查找与设计的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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