土壤微生物的物种丰富度是怎么测出来的?
生活随笔
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土壤微生物的物种丰富度是怎么测出来的?
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測定土壤微生物物種豐富度通常采用分子生物學技術,如PCR-DGGE(聚合酶鏈反應-變性梯度凝膠電泳)、PCR-TGGE(聚合酶鏈反應-溫度梯度凝膠電泳)和PCR-RFLP(聚合酶鏈反應-限制性片段長度多態性)等。
具體操作步驟如下:
1.采集土樣:通常采用不同深度、不同生長季節和不同種植作物地點的土樣。樣品應隨機采集,避免重復采集同一地點的土樣。
2.提取土壤DNA:將采集的土樣通過不同的DNA提取方法提取土壤中的總DNA。
3.PCR擴增:使用通用引物(如16S rRNA基因對細菌的引物,18S rRNA基因對真菌的引物)擴增所需要的基因片段。
4.電泳分離:將PCR產物通過含有變性梯度或溫度梯度的凝膠電泳進行分離。通常通過DGGE或TGGE來檢測產物的物種多樣性,也可以使用RFLP等。
5.圖譜分析:用所得的指紋圖譜進行分析,識別出樣品中的微生物物種和數量。可以采用聚類分析或PCA分析等方法分析數據。
6.物種豐富度計算:根據PCR-DGGE或PCR-TGGE電泳圖上的 PCR產物數量和強度,計算物種豐富度的各項指標,如Shannon-Weaver指數、Simpson指數、Pielou的均勻度指數等。
總體來說,采用 PCR-DGGE或PCR-TGGE技術能夠較準確的測定土壤微生物物種的豐富度。
總結
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