參考:http://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html

裝bcftools

? $ tar -jxvf bcftools-1.8.tar.bz2

? $?cd bcftools-1.8

? $?./configure

? $?make

? $?make install

? $?echo 'PATH=$PATH:/software/bcftools-1.8/' >> ~/.bashrc

? $?source ~/.bashrc

裝htslib

? $?tar? ?-jxvf? ?htslib-1.8.tar.bz2

? $?cd htslib-1.8

? $?./configure

? $?make

? $?make install

? $?echo 'PATH=$PATH:/software/htslib-1.8/' >> ~/.bashrc

? $?source ~/.bashrc

提取前

? $?bgzip -c test.snp.vcf > test..snp.vcf.gz

? $?tabix -p vcf test.snp.vcf.gz

提取序列

? $?bcftools consensus -f test.cds.fasta -H A test.snp.vcf.gz -o test.val.fasta

轉載于:https://www.cnblogs.com/shawn2018/p/9469252.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的提取变异的转录组序列的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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