SparkR：数据科学家的新利器
from:http://www.csdn.net/article/2015-10-23/2826010
摘要：R是數據科學家中最流行的編程語言和環境之一，在Spark中加入對R的支持是社區中較受關注的話題。作為增強Spark對數據科學家群體吸引力的最新舉措，最近發布的Spark?1.4版本在現有的Scala/Java/Python?API之外增加了R?API（SparkR）。SparkR使得熟悉R的用戶可以在Spark的分布式計算平臺基礎上結合R本身強大的統計分析功能和豐富的第三方擴展包，對大規模數據集進行分析和處理。本文將回顧SparkR項目的背景，對其當前的特性作總體的概覽，闡述其架構和若干技術關鍵點，最后進行展望和總結。
項目背景
R是非常流行的數據統計分析和制圖的語言及環境，有一項調查顯示，R語言在數據科學家中使用的程度僅次于SQL。但目前R語言的核心運行環境是單線程的，能處理的數據量受限于單機的內存容量，大數據時代的海量數據處理對R構成了挑戰。
為了解決R的可伸縮性問題，R社區已經有一些方案，比如parallel和snow包，可以在計算機集群上并行運行R代碼。但它們的缺陷在于沒有解決數據分布式存儲，數據仍然需要在主節點集中表示，分片后再傳輸給工作節點，不適用于大數據處理的場景。另外，數據處理模型過于簡單，即數據分片在工作節點處理后，結果收集回主節點，缺少一個象MapReduce那樣通用的分布式數據編程模型。
Hadoop是流行的大數據處理平臺，它的HDFS分布式文件系統和之上的MapReduce編程模型比較好地解決了大數據分布式存儲和處理的問題。RHadoop項目的出現使得用戶具備了在R中使用Hadoop處理大數據的能力。
Apache頂級開源項目Spark是Hadoop之后備受關注的新一代分布式計算平臺。和Hadoop相比，Spark提供了分布式數據集的抽象，編程模型更靈活和高效，能夠充分利用內存來提升性能。為了方便數據科學家使用Spark進行數據挖掘，社區持續往Spark中加入吸引數據科學家的各種特性，例如0.7.0版本中加入的python?API?（PySpark）；1.3版本中加入的DataFrame等。
R和Spark的強強結合應運而生。2013年9月SparkR作為一個獨立項目啟動于加州大學伯克利分校的大名鼎鼎的AMPLAB實驗室，與Spark源出同門。2014年1月，SparkR項目在github上開源（https://github.com/amplab-extras/SparkR-pkg）。隨后，來自工業界的Alteryx、Databricks、Intel等公司和來自學術界的普渡大學，以及其它開發者積極參與到開發中來，最終在2015年4月成功地合并進Spark代碼庫的主干分支，并在Spark?1.4版本中作為重要的新特性之一正式宣布。
當前特性
SparkR往Spark中增加了R語言API和運行時支持。Spark的?API由Spark?Core的API以及各個內置的高層組件（Spark?Streaming，Spark?SQL，ML?Pipelines和MLlib，Graphx）的API組成，目前SparkR只提供了Spark的兩組API的R語言封裝，即Spark?Core的RDD?API和Spark?SQL的DataFrame?API。
需要指出的是，在Spark?1.4版本中，SparkR的RDD?API被隱藏起來沒有開放，主要是出于兩點考慮：
目前社區正在討論是否開放RDD?API的部分子集，以及如何在RDD?API的基礎上構建一個更符合R用戶習慣的高層API。
RDD?API
用戶使用SparkR?RDD?API在R中創建RDD，并在RDD上執行各種操作。
目前SparkR?RDD實現了Scala?RDD?API中的大部分方法，可以滿足大多數情況下的使用需求：
SparkR支持的創建RDD的方式有：
- 從R?list或vector創建RDD（parallelize()）
- 從文本文件創建RDD（textFile()）
- 從object文件載入RDD（objectFile()）
SparkR支持的RDD的操作有：
- 數據緩存，持久化控制：cache(),persist(),unpersist()
- 數據保存：saveAsTextFile()，saveAsObjectFile()
- 常用的數據轉換操作，如map(),flatMap(),mapPartitions()等
- 數據分組、聚合操作，如partitionBy(),groupByKey(),reduceByKey()等
- RDD間join操作，如join(),?fullOuterJoin(),?leftOuterJoin()等
- 排序操作,如sortBy(),?sortByKey(),?top()等
- Zip操作，如zip(),?zipWithIndex(),?zipWithUniqueId()
- 重分區操作，如coalesce(),?repartition()
- 其它雜項方法
和Scala?RDD?API相比，SparkR?RDD?API有一些適合R的特點：
- SparkR?RDD中存儲的元素是R的數據類型。
- SparkR?RDD?transformation操作應用的是R函數。
- RDD是一組分布式存儲的元素，而R是用list來表示一組元素的有序集合，因此SparkR將RDD整體上視為一個分布式的list。Scala?API?中RDD的每個分區的數據由iterator來表示和訪問，而在SparkR?RDD中，每個分區的數據用一個list來表示，應用到分區的轉換操作，如mapPartitions()，接收到的分區數據是一個list而不是iterator。
- 為了符合R用戶經常使用lapply()對一個list中的每一個元素應用某個指定的函數的習慣，SparkR在RDD類上提供了SparkR專有的transformation方法：lapply()、lapplyPartition()、lapplyPartitionsWithIndex()，分別對應于Scala?API的map()、mapPartitions()、mapPartitionsWithIndex()。
DataFrame?API
Spark?1.3版本引入了DataFrame?API。相較于RDD?API，DataFrame?API更受社區的推崇，這是因為：
Spark的DataFrame?API是從R的?Data?Frame數據類型和Python的pandas庫借鑒而來，因而對于R用戶而言，SparkR的DataFrame?API是很自然的。更重要的是，SparkR?DataFrame?API性能和Scala?DataFrame?API幾乎相同，所以推薦盡量用SparkR?DataFrame來編程。
目前SparkR的DataFrame?API已經比較完善，支持的創建DataFrame的方式有：
- 從R原生data.frame和list創建
- 從SparkR?RDD創建
- 從特定的數據源(JSON和Parquet格式的文件)創建
- 從通用的數據源創建
- 將指定位置的數據源保存為外部SQL表，并返回相應的DataFrame
- 從Spark?SQL表創建
- 從一個SQL查詢的結果創建
支持的主要的DataFrame操作有：
·數據緩存，持久化控制：cache(),persist(),unpersist()
- 數據保存：saveAsParquetFile(),?saveDF()?（將DataFrame的內容保存到一個數據源），saveAsTable()?（將DataFrame的內容保存存為數據源的一張表）
- 集合運算：unionAll()，intersect(),?except()
- Join操作：join()，支持inner、full?outer、left/right?outer和semi?join。
- 數據過濾：filter(),?where()
- 排序：sortDF(),?orderBy()
- 列操作：增加列-?withColumn()，列名更改-?withColumnRenamed()，選擇若干列?-select()、selectExpr()。為了更符合R用戶的習慣，SparkR還支持用$、[]、[[]]操作符選擇列，可以用$<列名>?<-?的語法來增加、修改和刪除列
- RDD?map類操作：lapply()/map()，flatMap()，lapplyPartition()/mapPartitions()，foreach()，foreachPartition()
- 數據聚合：groupBy()，agg()
- 轉換為RDD：toRDD()，toJSON()
- 轉換為表：registerTempTable(),insertInto()
- 取部分數據：limit()，take()，first()，head()
編程示例
總體上看，SparkR程序和Spark程序結構很相似。
基于RDD?API的示例
要基于RDD?API編寫SparkR程序，首先調用sparkR.init()函數來創建SparkContext。然后用SparkContext作為參數，調用parallelize()或者textFile()來創建RDD。有了RDD對象之后，就可以對它們進行各種transformation和action操作。下面的代碼是用SparkR編寫的Word?Count示例：
library(SparkR) #初始化SparkContext sc <- sparkR.init("local", "RWordCount") #從HDFS上的一個文本文件創建RDD lines <- textFile(sc, "hdfs://localhost:9000/my_text_file") #調用RDD的transformation和action方法來計算word count #transformation用的函數是R代碼 words <- flatMap(lines, function(line) { strsplit(line, " ")[[1]] }) wordCount <- lapply(words, function(word) { list(word, 1L) }) counts <- reduceByKey(wordCount, "+", 2L) output <- collect(counts)基于DataFrame API的示例
基于DataFrame?API的SparkR程序首先創建SparkContext，然后創建SQLContext，用SQLContext來創建DataFrame，再操作DataFrame里的數據。下面是用SparkR?DataFrame?API計算平均年齡的示例：
library(SparkR) #初始化SparkContext和SQLContext sc <- sparkR.init("local", "AverageAge") sqlCtx <- sparkRSQL.init(sc) #從當前目錄的一個JSON文件創建DataFrame df <- jsonFile(sqlCtx, "person.json") #調用DataFrame的操作來計算平均年齡 df2 <- agg(df, age="avg") averageAge <- collect(df2)[1, 1]對于上面兩個示例要注意的一點是SparkR?RDD和DataFrame?API的調用形式和Java/Scala?API有些不同。假設rdd為一個RDD對象，在Java/Scala?API中，調用rdd的map()方法的形式為：rdd.map(…)，而在SparkR中，調用的形式為：map(rdd,?…)。這是因為SparkR使用了R的S4對象系統來實現RDD和DataFrame類。
架構
SparkR主要由兩部分組成：SparkR包和JVM后端。SparkR包是一個R擴展包，安裝到R中之后，在R的運行時環境里提供了RDD和DataFrame?API。
圖1 ?SparkR軟件棧
SparkR的整體架構如圖2所示。
圖2 SparkR架構
R?JVM后端
SparkR?API運行在R解釋器中，而Spark?Core運行在JVM中，因此必須有一種機制能讓SparkR?API調用Spark?Core的服務。R?JVM后端是Spark?Core中的一個組件，提供了R解釋器和JVM虛擬機之間的橋接功能，能夠讓R代碼創建Java類的實例、調用Java對象的實例方法或者Java類的靜態方法。JVM后端基于Netty實現，和R解釋器之間用TCP?socket連接，用自定義的簡單高效的二進制協議通信。
R?Worker
SparkR?RDD?API和Scala?RDD?API相比有兩大不同：SparkR?RDD是R對象的分布式數據集，SparkR?RDD?transformation操作應用的是R函數。SparkR?RDD?API的執行依賴于Spark?Core但運行在JVM上的Spark?Core既無法識別R對象的類型和格式，又不能執行R的函數，因此如何在Spark的分布式計算核心的基礎上實現SparkR?RDD?API是SparkR架構設計的關鍵。
SparkR設計了Scala?RRDD類，除了從數據源創建的SparkR?RDD外，每個SparkR?RDD對象概念上在JVM端有一個對應的RRDD對象。RRDD派生自RDD類，改寫了RDD的compute()方法，在執行時會啟動一個R?worker進程，通過socket連接將父RDD的分區數據、序列化后的R函數以及其它信息傳給R?worker進程。R?worker進程反序列化接收到的分區數據和R函數，將R函數應到到分區數據上，再把結果數據序列化成字節數組傳回JVM端。
從這里可以看出，與Scala?RDD?API相比，SparkR?RDD?API的實現多了幾項開銷：啟動R?worker進程，將分區數據傳給R?worker和R?worker將結果返回，分區數據的序列化和反序列化。這也是SparkR?RDD?API相比Scala?RDD?API有較大性能差距的原因。
DataFrame?API的實現
由于SparkR?DataFrame?API不需要傳入R語言的函數（UDF()方法和RDD相關方法除外），而且DataFrame中的數據全部是以JVM的數據類型存儲，所以和SparkR?RDD?API的實現相比，SparkR?DataFrame?API的實現簡單很多。R端的DataFrame對象就是對應的JVM端DataFrame對象的wrapper，一個DataFrame方法的實現基本上就是簡單地調用JVM端DataFrame的相應方法。這種情況下，R?Worker就不需要了。這是使用SparkR?DataFrame?API能獲得和ScalaAPI近乎相同的性能的原因。
當然，DataFrame?API還包含了一些RDD?API，這些RDD?API方法的實現是先將DataFrame轉換成RDD，然后調用RDD?的相關方法。
展望
SparkR目前來說還不是非常成熟，一方面RDD?API在對復雜的R數據類型的支持、穩定性和性能方面還有較大的提升空間，另一方面DataFrame?API在功能完備性上還有一些缺失，比如對用R代碼編寫UDF的支持、序列化/反序列化對嵌套類型的支持，這些問題相信會在后續的開發中得到改善和解決。如何讓DataFrame?API對熟悉R原生Data?Frame和流行的R?package如dplyr的用戶更友好是一個有意思的方向。此外，下一步的開發計劃包含幾個大的特性，比如普渡大學正在做的在SparkR中支持Spark?Streaming，還有Databricks正在做的在SparkR中支持ML?pipeline等。SparkR已經成為Spark的一部分，相信社區中會有越來越多的人關注并使用SparkR，也會有更多的開發者參與對SparkR的貢獻，其功能和使用性將會越來越強。
總結
Spark將正式支持R?API對熟悉R語言的數據科學家是一個福音，他們可以在R中無縫地使用RDD和Data?Frame?API，借助Spark內存計算、統一軟件棧上支持多種計算模型的優勢，高效地進行分布式數據計算和分析，解決大規模數據集帶來的挑戰。工欲善其事，必先利其器，SparkR必將成為數據科學家在大數據時代的又一門新利器。
（責編/仲浩）
作者：孫銳，英特爾大數據團隊工程師，HIVE和Shark項目貢獻者，SparkR主力貢獻者之一。
總結
以上是生活随笔為你收集整理的SparkR：数据科学家的新利器的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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