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轉：https://shengxin.ren/article/16

https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html

批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml

?我的下載的數據在/home/username/ncbi/public/sra

SRA（Sequence ReadArchive）數據庫是用于存儲二代測序的原始數據，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列數據外，SRA現在也存在raw reads在參考基因的比對信息。

根據SRA數據產生的特點，將SRA數據分為四類：

• Studies-- 研究課題

• Experiments-- 實驗設計

• Runs-- 測序結果集

• Samples-- 樣品信息

SRA中數據結構的層次關系為：Studies->Experiments->Samples->Runs.

• Studies是就實驗目標而言的，一個study 可能包含多個Experiment。

• Experiments包含了Sample、DNA source、測序平臺、數據處理等信息。

• 一個Experiment可能包含一個或多個runs。

• Runs 表示測序儀運行所產生的reads。

SRA數據庫用不同的前綴加以區分：

• • ERP或SRP表示Studies；

  • SRS 表示 Samples；

  • SRX 表示 Experiments；

  • SRR 表示 Runs；

使用：

　　搜索相關研究的疾病，選擇相應數據集

點擊第一個案例進入詳細信息界面?

Study詳細信息頁面

Experiments詳細信息頁面

Runs詳細信息頁面，選擇要下載的Runs

3、下載數據

要下載SRA數據，我們需要先安裝SRA Toolkit軟件包，下載地址：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software

根據自己的環境下載相應的軟件包。

主要包括：

• CentOS 32/64

• Ubuntu 32/64

• MacOS 32/64

• MS Windows 32/64

以CentOS為例：

1、下載安裝：

wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"

tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

2、運行下載

cd sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin

./prefetch SRR2172038

下載完成后，會在你的工作主目錄下生成一個ncbi的文件夾。

cd ncbi/public/sra

查看SRR2172038.sra數據

?

3、轉換fastq

?

/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump ./SRR2172038.sra

?

4、轉換fasta

?

/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump ?--fasta?./SRR2172038.sra

?

批量下載SRA數據

?

1.新建文件，命令為prefetch_bash.sh ? (感覺命名簡單粗暴啊)

?

vi prefetch_bash.sh

?

#!/bin/bash

?

for id in ?$(seq 1 5) ? ?#記住該語法

?

do

?

　　prefetch SRR35899${id}

?

done

?

3.給文件一個可執行權限

?

chmod +755 frefetch_bash.sh

?

4.添加環境變量或者將其move到/usr/bin即可

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添加環境變量：

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vi ~/.profile

?

export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH

?

保存之后需source .profile

?

?

5.利用prefetch_bash.sh批量下載所需的SRR文件

?

在終端輸入：prefetch_bash.sh

下載的SRR數據默認存放在：/home/lmt/ncbi/public/sra里

?

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轉載于:https://www.cnblogs.com/lyyao/p/9526314.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的NCBI SRA数据库使用详解的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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