NCBI SRA数据库使用详解
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轉(zhuǎn)：https://shengxin.ren/article/16
https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html
批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15/48272598_749456477.shtml
?我的下載的數(shù)據(jù)在/home/username/ncbi/public/sra
SRA（Sequence ReadArchive）數(shù)據(jù)庫是用于存儲二代測序的原始數(shù)據(jù)，包括 454，Illumina，SOLiD，IonTorrent，Helicos 和 CompleteGenomics。除了原始序列數(shù)據(jù)外，SRA現(xiàn)在也存在raw reads在參考基因的比對信息。
根據(jù)SRA數(shù)據(jù)產(chǎn)生的特點，將SRA數(shù)據(jù)分為四類：
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Studies-- 研究課題
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Experiments-- 實驗設(shè)計
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Runs-- 測序結(jié)果集
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Samples-- 樣品信息
SRA中數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)的層次關(guān)系為：Studies->Experiments->Samples->Runs.
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Studies是就實驗?zāi)繕?biāo)而言的，一個study 可能包含多個Experiment。
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Experiments包含了Sample、DNA source、測序平臺、數(shù)據(jù)處理等信息。
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一個Experiment可能包含一個或多個runs。
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Runs 表示測序儀運行所產(chǎn)生的reads。
SRA數(shù)據(jù)庫用不同的前綴加以區(qū)分：
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ERP或SRP表示Studies；
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SRS 表示 Samples；
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SRX 表示 Experiments；
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SRR 表示 Runs；
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使用：
搜索相關(guān)研究的疾病，選擇相應(yīng)數(shù)據(jù)集
點擊第一個案例進入詳細信息界面?
Study詳細信息頁面
Experiments詳細信息頁面
Runs詳細信息頁面，選擇要下載的Runs
3、下載數(shù)據(jù)
要下載SRA數(shù)據(jù)，我們需要先安裝SRA Toolkit軟件包，下載地址：
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
根據(jù)自己的環(huán)境下載相應(yīng)的軟件包。
主要包括：
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CentOS 32/64
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Ubuntu 32/64
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MacOS 32/64
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MS Windows 32/64
以CentOS為例：
1、下載安裝：
wget "http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz"
tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz
2、運行下載
cd sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin
./prefetch SRR2172038
下載完成后，會在你的工作主目錄下生成一個ncbi的文件夾。
cd ncbi/public/sra
查看SRR2172038.sra數(shù)據(jù)
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3、轉(zhuǎn)換fastq
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/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump ./SRR2172038.sra
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4、轉(zhuǎn)換fasta
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/sratoolkit.2.5.7-centos_linux64/bin/fastq-dump ?--fasta?./SRR2172038.sra
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批量下載SRA數(shù)據(jù)
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1.新建文件，命令為prefetch_bash.sh ? (感覺命名簡單粗暴啊)
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vi prefetch_bash.sh
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#!/bin/bash
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for id in ?$(seq 1 5) ? ?#記住該語法
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do
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prefetch SRR35899${id}
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done
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3.給文件一個可執(zhí)行權(quán)限
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chmod +755 frefetch_bash.sh
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4.添加環(huán)境變量或者將其move到/usr/bin即可
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添加環(huán)境變量：
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vi ~/.profile
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export PATH=/home/lmt/biosoft/data:$PATH
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保存之后需source .profile
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5.利用prefetch_bash.sh批量下載所需的SRR文件
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在終端輸入：prefetch_bash.sh
下載的SRR數(shù)據(jù)默認(rèn)存放在：/home/lmt/ncbi/public/sra里
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總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的NCBI SRA数据库使用详解的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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