一、各類文件

1 in :程序?qū)懭?br />2 log ：寫入狀態(tài)信息（if the switch is used?）
3 screen :? 決定結(jié)果的是否進(jìn)行屏幕輸出
4 var name : 定義一個(gè)變量，name指變量名，可為字母也可為字符串，形式$x / $ {abc}

二、指令系統(tǒng)介紹

1.一般來(lái)說(shuō)指令的順序并不重要，但在以下幾種情況中必須注意：1. LAMMPS并不是全部讀完所有指令才執(zhí)行，而是讀一行執(zhí)行一次，因此下面的兩組語(yǔ)句是不同的：

timestep 0.5 #以下的兩個(gè)模擬其步長(zhǎng)均為0.5 fmsec run 100 run 100run 100 #第一個(gè)模擬采用缺省值步長(zhǎng)為1 fmsec timestep 0.5 run 100 #第二個(gè)采用步長(zhǎng)為0.5 fmsec

2. 某些指令只在其他指令之后才生效，如要得到系統(tǒng)溫度必須先進(jìn)行各種定義
3 .若A指令在B之前，B可以引用A定義的變量

三、in語(yǔ)法規(guī)則

?1.在LAMMPS中要區(qū)分大小寫，一般指令名稱用小寫字母，文件及用戶定義ID?Strings 用大寫。

2. LAMMPS對(duì)每行語(yǔ)句的語(yǔ)法要求如下：

• 當(dāng)語(yǔ)句太長(zhǎng)一行放不下時(shí)，在語(yǔ)句一行結(jié)束的時(shí)候輸入字符 “&” 表示下一行的語(yǔ)句接著上一行繼續(xù)。
• #注釋，但有例外
• 緊跟在$后的為定義變量
• 單詞間用空格隔開
• 第一個(gè)詞為指令名，后面的字段都是相關(guān)的參數(shù)

四. 語(yǔ)句結(jié)構(gòu)

1.Lammps官網(wǎng)命令，寫in data文件時(shí)注意看：https://lammps.sandia.gov/doc/Commands_all.html??

2.in文件包括四個(gè)部分：初始值，定義原子和盒子，設(shè)定條件，run

• 大致了解這些命令如下? ? ?#附斷裂實(shí)例操作 ：?https://youtu.be/M8NPAk0Cs7Q??

• lattice（晶格參數(shù)），region（選擇一個(gè)而區(qū)域），create_box(創(chuàng)建一個(gè)盒子），create-atoms（創(chuàng)建原子）——通過(guò)這四個(gè)命令創(chuàng)建原子（按晶格的方式），這種方式適合沒(méi)有分子拓?fù)湫畔⒌木w，如金屬，鹽等有規(guī)則晶體信息的物質(zhì)。?

五.撰寫data,in文件并計(jì)算

?以TIP4P水分子為例。#用in文件撰寫簡(jiǎn)單的小分子模擬

水分子模型參數(shù)（看下面in文件對(duì)照著來(lái)看）：Lammps官網(wǎng)-教程-8.5節(jié)howto discussions：https://lammps.sandia.gov/doc/Howto.html? ?

#強(qiáng)力安利軟件：UltraEdit——超強(qiáng)大的文本編輯器，編輯in data文件。（真的超好用，之后遇到很多更復(fù)雜的文件，如力場(chǎng)，記事本已經(jīng)無(wú)法滿足了，會(huì)亂序）

?

data file for tip4p3 atoms 2 bonds 1 angles #非剛體結(jié)構(gòu)in文件中不能寫masses，剛體的話要寫。 full中read_data格式無(wú)masses Coords #坐標(biāo) x y z 1 1.360 1.39 0.570 2 1.770 0.81 1.220 3 0.430 1.31 0.740Types #原子編號(hào) 類型1 1 2 2 3 2Charges #電荷1 -1.0484 2 0.5242 3 0.5242 #下面時(shí)拓?fù)湫畔?可看最開頭總數(shù) Bonds #鍵的編號(hào) 鍵的類型 誰(shuí)和誰(shuí)連在一起1 1 1 2 2 1 1 3Angles #一個(gè)角1 1 2 1 3

?

?

# in file for tip4p model echo screen #調(diào)試用，打印到屏幕或log文件。 none or screen or log or both units real #lj or real or metal or si or cgs or electron or micro or nano dimension 3 #2 or 3 boundary p p p #p f s m atom_style full #重要 full:molecular + charge; atomic:only the default values;charge:charge bond_style harmonic angle_style harmonic #創(chuàng)建一個(gè)box，并選擇一個(gè)區(qū)域把水放進(jìn)去 region box block 0 10 0 10 0 10 #規(guī)劃區(qū)域:定義一個(gè)長(zhǎng)方體區(qū)域叫box,長(zhǎng)寬高 單位angstrom create_box 2 box bond/types 1 angle/types 1 extra/bond/per/atom 2 extra/angle/per/atom 1 #create_box N region-ID keyword value .....；box支持多少種（大于等于實(shí)際最大值）：原子類型 鍵 角 每個(gè)原子包含鍵和角 molecule tip4 mol.data #導(dǎo)入模型，需要molecule安裝包才支持。 #read_data tip4.data #計(jì)算完后，生成restart.data，再把in文件改一下并且下面的設(shè)置部分改一下繼續(xù)算。 #region w2 block 10 30 10 30 10 30 #可定義一個(gè)之間空的區(qū)域w2 lattice sc 5.0 #設(shè)置晶格：晶胞類型，晶格常數(shù)。讓加入的原子分子在個(gè)點(diǎn)上。注意邊界也有分子 create_atoms 0 region w1 mol tip4 515 units box #從0開始，實(shí)際上沒(méi)有0這種原子類型。設(shè)1之后，加上分子就有三種原子類型，上面create_atoms可改為3 #create_atoms 0 random 10 1234 w1 mol tip4 12 3units box #random不用在格點(diǎn)上，故lattice可不用。隨機(jī)生成，前面部分是生成原子，如果后面跟了分子，則是生成以隨機(jī)點(diǎn)為質(zhì)心的分子，前面注意要對(duì)應(yīng)box要支持這種分子的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)，要對(duì)應(yīng)。如果沒(méi)跟分子，不能從0開始 mass 1 15.9994 #原子類型，質(zhì)量 mass 2 1.008neighbor 2.0 bin #截?cái)喟霃较嚓P(guān)的東西 neigh_modify delay 0 every 1 check yes #鄰近原子列表更新速度 pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 8.5 #相互作用勢(shì)：原子編號(hào)類型， 鍵和角的相互作用勢(shì)：OM距離 ，截?cái)?/span> pair_coeff 1 1 0.1852573718 3.1589 pair_coeff 1 2 0.0000000000 1.5795 pair_coeff 2 2 0.0000000000 0.0000bond_coeff 1 1000 0.9572 angle_coeff 1 3000 104.52kspace_style pppm/tip4p 1.0e-5 #計(jì)算長(zhǎng)程庫(kù)侖項(xiàng)，需要kspace安裝包才支持dump 1 all custom 10 tip4.lammpstrj id type x y z #將信息寫入tip4.lammpstrj，此后可用vmd打開視圖 dump_modify 1 sort id #dielectric 80.0 fix 1 all shake 0.0001 2 0 b 1 a 1 #設(shè)置偏差控制精度提示，步數(shù)，步數(shù)，鍵和角 fix 2 all nve #系綜，后面可跟定義的參數(shù) fix 3 all temp/rescale 1 300 300 1 1.0 1.0 #minimize 1.0e-12 1.0e-12 1000 1000 #能量最小化參數(shù)，指數(shù)越大最小化成都越深 thermo 1000 timestep 0.05 #步長(zhǎng)fs run 100000 write_data tip41.data #輸出 write_restart tip41.restart

?

轉(zhuǎn)載于:https://www.cnblogs.com/zll-52011/p/10158480.html

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Lammps命令与in文件的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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