“請允許我代表高性能計算項目組對你們的支持和無私幫助道一聲誠摯的感謝。作為一名普通的科研工作者，我們的工作就是為科研人員提供針對此次冠狀病毒治療研究進行的藥物虛擬篩選和分子動力學模擬計算環境支撐。”這是上海超算中心不久前收到的來自蘭州大學和澳門科技大學的感謝信。

　　疫情來襲，這兩所學校的科研工作者馬上投入到緊張的疫苗研發和藥物篩選中去。然而，學校計算資源不足，躊躇之際，他們求助了上海超算中心。超算中心也不負眾望，只用了 6 個小時即建立了三地互聯互通的合作研究機制，16 個小時即向社會公布了大量 CPU 和 GPU 的免費計算資源。

　　與時間賽跑讓我們再快一點

　　1 月 30 日晚，蘭州大學和澳門科技大學中藥質量研究國家重點實驗室的科研團隊通過甘肅省計算中心(上海超算甘肅分中心)與上海超算中心取得聯系，希望可以提供計算資源和技術支持以滿足即將開展的更大規模的計算模擬工作。雙方溝通后得知至少需要 1000 核 CPU，30 塊以上 invida V100GPU 加速處理器，以及 50TB 的存儲資源。接到這些要求，工作人員十分緊張——正逢春節以及疫情防控時期，工作人員無法第一時間回歸工作崗位。另一個問題是，上海超算中心的 V100GPU 加速處理器數量很少，無法滿足當前及后續還會擴大的計算需求。

　　面對困難，上海超算中心在撥出自己一部分計算資源的同時，又組織協調并成立了由上海超算中心、上海超算科技有限公司、甘肅省計算中心、蘇州超級計算中心組成的聯合工作組，首先通過甘肅計算中心向蘭州大學研究團隊提供本地緊急計算需求，同時僅用 6 個小時，就通過上海超算 HPCplus 計算平臺整合了超過 3000 核 CPU 資源。其中，上海超算 2048 核，甘肅計算中心 1024 核，GPU v100 共 32 塊均由蘇州超算中心(上海超算蘇州分中心) 提供。很快，一個三地互聯互通應用平臺建立起來，最終在 1 月 31 日提供了滿足研究團隊的 CPU 和 GPU 計算資源，距接獲支持請求僅用了 16 個小時。

　　計算機是助跑和助攻

　　超級計算機作為科學研究的必要工具，在基因測序、藥物研發、病毒結構解析等方面可以發揮重要作用，加速研究進度。在病毒疫苗和藥物的研發過程中，先要對病毒進行基因測序，了解病毒的基本結構。此時需要使用大量的計算資源進行生物信息學的比對和查找。

　　上海超算中心相關工作人員說：“面對此次疫情，研究工作者還需要弄清楚什么樣的分子和病毒結合，能使病毒失去功能。通過超級計算機模擬不同的藥物分子與病毒結合后發生的變化，也就是分子動力學模擬，可以極大地加速這一過程。因此，在超級計算機上進行的基因比對、虛擬藥物篩選、精確分子動力學模擬等相關計算，可以快速找到可能有效的藥物結構，為后續實驗階段的化合物遴選和測試提供指導。”

　　基于超級計算機在基因比對、藥物研發、病毒結構等方面可以起到的作用，上海超算中心在了解疫情后，經過內部討論及相關準備，1 月 25 日開始與上海藥物所、南方基因、復旦大學、上海交通大學等眾多基因研究和藥物研究課題組進行了溝通，詢問其在此次疫情相關科研計算模擬遇到的困難和需求。

　　免費提供大規模 CPU 和 GPU 資源用于疫苗研發、藥物篩選

　　也許現在還有許多團隊正在日以繼夜地研究疫苗、做藥物篩選，如果計算速度快一點，做出疫苗和特效藥的時間說不定也能快一點。為此，上海超算中心主任周曦民決定，將此前臨時搭建的互聯共享平臺免費向全社會開放。

　　于是，上海超算聯合甘肅省計算中心、江西省計算中心、蘇州超算中心、昆山超算中心共建互聯互通合作研究機制于 2 月 1 日向社會宣布，統籌協調大規模 CPU 和 GPU 資源免費提供給廣大科研人員開展疫苗研發、藥物篩選等抗擊疫情相關研究工作。

　　據悉，除了上海超算中心剛上線了一臺“魔方3”超級計算機外，蘇州超算中心、昆山超算中心都是新建成的超算中心，擁有超強的計算資源支持能力，希望這一平臺能對抗擊疫情有所幫助。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的6小时拨出3000核CPU，上海超算中心助力疫苗研发和药物筛免费的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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