沉默的第二条X染色体
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雌性哺乳動(dòng)物有兩條X染色體(XX),而雄性只有一條X染色體,另一條是Y染色體(XY)。這種不同會(huì)導(dǎo)致一種潛在的失衡,相比于雄性,雌性體內(nèi)的X染色體會(huì)有 1000 多個(gè)基因以兩倍量表達(dá)。已有證據(jù)表明這種失衡會(huì)導(dǎo)致早期胚胎死亡。
神奇的是,為了避免這種會(huì)造成嚴(yán)重后果的基因表達(dá)失衡,哺乳動(dòng)物進(jìn)化出了一種有效的解決方案:在每個(gè)具有兩條X染色體的細(xì)胞中,都有一條完整的X染色體被“沉默”,從而防止了 RNA 從其中轉(zhuǎn)錄出來。這個(gè)過程被稱為X染色體失活,是一個(gè)在雌性胚胎發(fā)育的早期就會(huì)開始的過程。
雖然X染色體失活是一個(gè)已經(jīng)被深入研究了幾十年的課題,但一直以來,科學(xué)家并不完全了解其背后的分子機(jī)制。他們知道的是,這一過程受到一種名為Xist的分子啟動(dòng)。Xist 是一種長鏈的非編碼 RNA,是一種以細(xì)胞的 DNA 為模板的分子,它不攜帶任何制造蛋白質(zhì)的指令。Xist 會(huì)將染色體包裹,誘導(dǎo)其沉默。然而,科學(xué)家尚不清楚與 Xist 的沉默機(jī)制有關(guān)的細(xì)節(jié)。
直到最近,來自歐洲分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室(EMBL)和巴黎居里研究所的研究人員在《自然》期刊上發(fā)表了一篇論文,報(bào)道了他們用一系列實(shí)驗(yàn)揭示了 Xist 是如何通過一種名為SPEN的蛋白質(zhì)共同作用以使基因沉默的。這一研究為X染色體失活的分子基礎(chǔ)提供了重要的新見解。
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Xist 是一種只會(huì)在將要失活的X染色體上才被表達(dá)的分子。它在將要失活的X染色體上局部擴(kuò)散,并通過與一系列蛋白質(zhì)結(jié)合使得染色體上的幾乎每個(gè)基因沉默。但是一直以來,Xist 導(dǎo)致基因沉默的確切分子機(jī)制一直是個(gè)謎。
Xist 最初究竟是如何開始抑制第一個(gè)活性基因的?解答這一問題的難點(diǎn)部分在于大多數(shù)與 Xist 結(jié)合的蛋白質(zhì)都是未知的。在新的研究中,論文的第一作者François Dossin與他的同事識(shí)別出在X染色體失活過程中,Xist 必須與 SPEN 蛋白質(zhì)結(jié)合。
活細(xì)胞中的 SPEN 蛋白質(zhì)(綠色)。 圖片來源:François Dossin
為了研究 SPEN 在X染色體失活中所起到的作用,Dossin 等人研究了它是如何在小鼠胚胎和胚胎干細(xì)胞中誘導(dǎo)基因沉默的。他們首先做的是快速降解小鼠胚胎干細(xì)胞中的 SPEN,以降低 SPEN 的濃度。他們發(fā)現(xiàn),Xist 幾乎完全不能在沒有 SPEN 的情況下使X染色體上的基因沉默。這一結(jié)果首次證明,SPEN 是小鼠體內(nèi)發(fā)生X染色體失活的必要條件。他們還發(fā)現(xiàn),SPEN 會(huì)抑制X染色體上的那些試圖“規(guī)避”失活的“潛逃”基因。
通過在活細(xì)胞中用熒光標(biāo)記分子,研究人員觀測到一旦 Xist 開始啟動(dòng)X染色體失活過程,SPEN 就會(huì)聚集到X染色體上。接著,Xist 會(huì)與聚集在那里的 SPEN 結(jié)合。然后,SPEN 會(huì)與活躍基因的調(diào)控區(qū)域相互作用。
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在這次研究中,尤為令人眼前一亮的是,Dossin 等人采用了一種叫新的名為“CUT&RUN”的技術(shù)來繪制 SPEN 在失活的X染色體上的位置。這表明,在 Xist 開始表達(dá)后不久,SPEN 就與活躍的基因啟動(dòng)子和基因強(qiáng)化子結(jié)合。當(dāng)在基因沉默發(fā)生之后,SPEN 就會(huì)從這些位點(diǎn)脫離。自此之后,基因在剩余的細(xì)胞生命周期中,將一直以失活的狀態(tài)存在。
利用一系列經(jīng)典和前沿的方法,研究人員剖析了 SPEN 在X染色體失活過程中所起到的作用。他們發(fā)現(xiàn),在 SPEN 蛋白質(zhì)中,一個(gè)名為 SPOC 的區(qū)域在基因沉默中起著主導(dǎo)作用。他們證實(shí)了這個(gè)區(qū)域能抑制 DNA 轉(zhuǎn)錄成 RNA,并與幾種參與了 RNA 合成、染色質(zhì)重構(gòu)以及染色質(zhì)修飾的蛋白質(zhì)相互作用。
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幾十年來,Xist 一直是 RNA 在調(diào)節(jié)基因表達(dá)方面的一個(gè)主要例子。通過研究這種 RNA,研究人員或許已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的與基因調(diào)控有關(guān)的基本信息。領(lǐng)導(dǎo)了這項(xiàng)研究的Edith Heard教授表示,對(duì)X染色體失活背后所有分子機(jī)制的探索才剛剛開始,她說:“我們發(fā)現(xiàn),SPEN 會(huì)與幾個(gè)與基因沉默相關(guān)的路徑相互作用。既然 SPEN 導(dǎo)致了X染色體失活過程中幾乎所有的沉默,因此下一個(gè)要解決的問題就是,這些路徑中有多少能有助于基因沉默。”
總結(jié)
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