有没有软件，直接给一大段序列，然后预测里面是不是有miRNA呢？
生活随笔
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有没有软件，直接给一大段序列，然后预测里面是不是有miRNA呢？
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
有的。一般是使用比對軟件直接將測序得到序列與miRBase數(shù)據(jù)庫比對來鑒定miRNA的，用來比對的軟件一般是bowtie，用來鑒定和識別新miRNA的話，則使用miRDeep2。miRBase數(shù)據(jù)庫主要收集了現(xiàn)在已知miRNA的序列，并有注釋和miRNA靶基因等信息，一般要識別已知miRNA，就可以用bowtie將序列比對到miRBase數(shù)據(jù)庫來確定，但是要鑒定新的miRNA只用這個數(shù)據(jù)庫就不夠了，就需要依據(jù)miRNA的結(jié)構(gòu)特點，進行預(yù)測，這時候就要用到miRDeep2了。
總結(jié)
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