高通量測序技術應用到由mRNA逆轉錄生成的cDNA上,從而獲得來自不同基因的mRNA片段在特定樣本中的含量,這就是mRNA測序或mRNA-Seq,同樣原理,各種類型的轉錄本都可以用深度測序技術進行高通量檢測,統稱作RNA-Seq。該技術首先將細胞中的所有轉錄產物反轉錄為cDNA文庫(利用最新的SMS技術可略去這一步,直接對RNA進行測序),然后將cDNA文庫中的DNA隨機剪切為小片段(或先將RNA片段化后再反轉錄),在cDNA兩端加上接頭利用新一代高通量測序儀測序,直到獲得足夠的序列,所得序列通過比對(有參考基因組)或從頭組裝(無參考基因組)形成全基因組范圍的轉錄譜。

RNA測序（英語：RNA Sequencing，簡稱RNA-Seq，也被稱為全轉錄物組鳥槍法測序:Whole Transcriptome Shotgun Sequencing，WTSS）是基于第二代測序技術的轉錄組學研究方法：首先提取生物樣品的全部轉錄的RNA，然后反轉錄為c-DNA后進行的二代高通量測序，在此基礎上進行片段的重疊組裝，從而可得到一個個的轉錄本。進而可以形成對該生物樣品當前發育狀態的基因表達狀況的全局了解（globle）。進一步說，若和下一階段的生物樣品的RNA-Seq轉錄組進行比較，則可以得到全部的（在轉錄層面）基因表達的上調及下調--這就形成了表達譜，針對關鍵基因則可以形成你要想要的pathway的構建。

轉錄組測序技術，其原理是是把mRNA,smallRNA和 NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測序技術把它們的序列測出來。其無需預先針對已知序列設計探針，就可以對任意物種的整體轉錄活動進行檢測，提供更精確的數字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是當下深入研究轉錄組復雜性最佳方法之一。

對 RNA進行測序一直以來都被認為是一種發現基因的有效方法，而且這種方法還被認為是對編碼基因以及非編碼基因進行注釋的金標準。與以前的方法相比，大規模 平行RNA測序方法（massively parallel sequencing of RNA）極大增強了RNA測序技術的處理能力，使我們得以能夠對轉錄組進行測序。在本文中即將介紹到的這兩種RNA測序方法就能以前所未有的精度對轉錄組 進行分析。Trapnell小組使用的方法是一種名為Cufflinks的軟件。這種軟件能夠隨時發現小鼠生肌細胞（myoblast cell）內新出現的轉錄子，還能在細胞分化時對轉錄子表達水平進行監測，從而分析基因表達情況和剪接情況。Guttman小組也使用了與 Trapnell小組相類似的軟件方法，不過他們使用的是另一種名為Scripture的軟件。Scripture軟件可以對源自三個小鼠細胞系的轉錄組 進行再注釋（reannotate），從而對數百個最近新發現的lincRNA（large intergenic noncoding RNA）進行完整的基因模式注釋。

總結

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