目前用于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)獲得和分析的方法主要有基于雜交技術的芯片技術,基于序列分析的基因表達系列分析(SAGE)和大規(guī)模平行信號測序系統(tǒng)(MPSS),以及最新提出的RNA-Seq技術等?；蛐酒情_發(fā)最早也是目前應用較廣的高通量轉(zhuǎn)錄組檢測技術。該技術成本適中,數(shù)據(jù)分析軟件較多,整個方法較為成熟,然而基于雜交技術的微陣列技術只限用于已知序列,無法檢測新的RNA;而且雜交技術靈敏度有限,難以檢測低豐度的目標(需要更多的樣品量)和重復序列;也很難檢測出融合基因轉(zhuǎn)錄、多順反子轉(zhuǎn)錄等異常轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。與芯片不同,SAGE不需任何基因序列的信息,能夠全局性地檢測所有基因的表達水平,除了具有顯示基因差異表達譜的作用外,還對那些未知基因特別是那些低拷貝基因的發(fā)現(xiàn)起到了巨大的推動作用。MPSS技術是對SAGE技術的改進,簡化了測序過程,提高了精度,但二者都是基于昂貴的Sanger測序,需要大量的測序工作,技術難度較大,而且涉及酶切、PCR擴增、克隆等可能會產(chǎn)生堿基偏向性的操作步驟,因而限制了其推廣。相比之下,RNA-Seq技術具有諸多獨特優(yōu)勢。(1)數(shù)字化信號：直接測定每個轉(zhuǎn)錄本片段序列,單核苷酸分辨率的精確度,可以檢測單個堿基差異、基因家族中相似基因以及可變剪接造成的不同轉(zhuǎn)錄本的表達,同時不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號帶來的交叉反應和背景噪音問題,能覆蓋信號超高的動態(tài)變化范圍。(2)高靈敏度：能夠檢測到細胞中少至幾個拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。(3)任意物種的全基因組分析：無需預先設計特異性探針,因此無需了解物種基因信息,能夠直接對任何物種進行轉(zhuǎn)錄組分析,這對非模式生物的研究尤為重要,例如Wang等、Xiang等和Vera等利用RNA-Seq技術分別對白粉虱、海鱸魚和蝴蝶轉(zhuǎn)錄組進行了研究。同時能夠檢測未知基因,發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本,并精確地識別可變剪切位點及cSNP,UTR區(qū)域。(4)更廣的檢測范圍：高于6個數(shù)量級的動態(tài)檢測范圍,能夠同時鑒定和定量稀有轉(zhuǎn)錄本和正常轉(zhuǎn)錄本;而芯片對過低或過高表達的基因缺乏敏感性,因而動態(tài)檢測范圍小。此外,RNA-Seq重復性好,無需技術重復,而且起始樣品比芯片技術要少得多,尤其適用于來源極為有限的生物樣品分析,如癌癥干細胞。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的RNA-Seq技术的优势在于什么？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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