來源不同、成熟過程不同、作用效果不同來源不同siRNA為外源雙鏈siRNA；而miRNA為內源性單鏈RNA，由自身基因組轉錄而來成熟過程不同siRNA為Dicer-1酶直接切割外源雙鏈RNA而得，并與R2D2結合后脫去正義鏈，形成誘導沉默復合物；miRNA形成首先是基因組轉錄生成pre-miRNA進一步加工后才經Dicer-2酶剪切形成單鏈miRNA,與loqs蛋白結合形成誘導沉默復合物。作用效果不同siRNA形成誘導沉默復合物后與所攜帶單鏈完全互補的mRNA結合，并使之降解；而miRNA作用方式有三種，第一種以線蟲lin-4為代表，作用時與靶標基因不完全互補結合，進而阻遏翻譯而不影響mRNA的穩定性，這種miRNA是目前發現最多的種類。第二種以擬南芥miR-171為代表，作用時與靶標基因完全互補結合，作用方式和功能與siRNA非常類似，最后切割靶mRNA，這說明某些miRNA和siRNA一樣參與了機體內一些特異性mRNA的剪切過程。第三種以let-7為代表，它具有以上兩種作用模式，當與靶標基因完全互補結合時，直接靶向切割mRNA，如果蠅和Hela細胞中let-7直接介導RISC分裂切割靶mRNA；當與靶標基因不完全互補結合時，起調節基因基因表達的作用，如線蟲中的let-7與靶mRNA3′端非翻譯區不完全配對結合后，阻遏調節基因的翻譯。除了作用效果之外，siRNA一般只針對一種特定的基因，且發生作用后mRNA被降解，不具有可逆性。而miRNA由于并不一定是完全互補，因此，一種miRNA可以調節多個基因的表達，研究表明，一種miRNA最多可以調節200個基因的表達，且如果誘導沉默復合物與mRNA結合后mRNA并未降解，則可能發生沉默復合物與mRNA重新分離。

與小分子siRNAs相比，miRNA在分子特性等方面是相似的，但也存在不少的差異。1.siRNA是雙鏈RNA，3‘端有2個非配對堿基，通常為UU； miRNA是單鏈RNA。 2.siRNAs是由dsRNA在Dicer酶切割下產生，而成熟miRNAs的產生要復雜一些，首先pri-miRNA在核內由一種稱為Drosha酶處理后成為大約70nt的帶有莖環結構的Precursor miRNAs (pre-miRNAs), 這些pre-miRNAs再在Exportin-5幫助下轉運到細胞核外之后再由胞質Dicer酶進行處理，酶切后成為成熟的miRNAs。生命的一些重要活動如幼蟲的生長發育、細胞的發生和分化、神經系統的分化等都被一些非編碼蛋白的小RNA的調控, 而除miRNA、siRNA以外的小RNA我們目前知之甚少。

SiRNA：通常是外源的，如病毒感染和人工插入的dsRNA被剪切后產生外源基因進入細胞，它通常用于沉默外源病毒、轉座子活性。MiRNA：是內源性的，是一種非編碼的RNA；由miRNA基因表達出最初的pri-miRNA分子。miRNA能夠調節與生長發育有關的基因。

總結

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