Pacbio三代测序平台在测序工作中关于可变剪切的问题如何解决呢?
生活随笔
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Pacbio三代测序平台在测序工作中关于可变剪切的问题如何解决呢?
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如果把拼接工作看作是在做拼圖游戲。NGS獲得的讀長都很短,就好象把一幅圖打成非常小的碎片,然后做拼圖。由于碎片太小,因此許多碎片看起來都差不多,這樣要拼出一副完整的圖難度很大。PacBio RS目前可以獲得1300bp的平均讀長,明年初隨著試劑升級,平均讀長可提升至2500-3000bp,這就相當于同樣的一幅圖,用大的碎片來做拼圖,由于大碎片比小碎片的識別度要高,因此完成拼圖的難度就可以大幅降低。同NGS通常100-150bp的讀長相比,PacBio RS的平均讀長提高了近20倍。試想一下,同樣大小的一幅拼圖,10,000片的還是500片的更好拼?另外,隨著讀長的增加,拼接過程中所需要測序覆蓋深度也會隨之下降。生物通 www.ebiotrade.com 對變異檢測來說,我們首先需要的是準確定位,如果無法準確定位,那無論原始或者一致性準確度有多高都是沒有意義的。而長讀長可以幫助研究者進行更準確的定位。
總結
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