数据分析手段对癌症新靶点发现有帮助吗?
生活随笔
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数据分析手段对癌症新靶点发现有帮助吗?
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有的。使用一些數據分析方法可以幫助科研人員從成堆的遺傳數據中篩選有用信息,有助于發現新的基因網絡,并可以依據基因網絡來推測某個突變基因對腫瘤所產生的影響。比如,今年有一項研究采用一種新的算法(Hotnet2)分析了來自癌癥基因組數據集(TCGA)中12種不同類型的癌癥遺傳數據,識別出了十幾個基因子網絡,其中有好幾個都屬于前人沒關注或者沒發覺到的,但卻在數據集的3281個樣本中都有體現。甚至,研究人員并不完全是基于患者的遺傳變異,而是針對很多體細胞變異(正常人體內也會發生的一些基因變異)進行的分析。這項研究結果將人們的注意力從患者特有的遺傳變異轉移到了更為常見的體細胞變異上,甚至給出了體細胞變異也可能成為癌癥致病推動力的可能。眾所周知,基因發揮作用往往不是“單兵作戰”,而是聯合其他基因組成一個基因網絡和信號通路來實現細胞的功能,也就是“聯合作戰式”。因此,在有些案例中,位于同一信號通路的多個基因中的單個突變就可能導致癌癥的發生。這個算法正是在網絡水平上分析基因,能夠幫助識別一些雖罕見但在癌癥中起著重要作用的基因,利用這種分析方法就可以發現癌癥的一些新靶點。舉個例子,某個基因可能在80%的樣本中都有變異,但是剩余20%樣本中卻有一些罕見突變是在其他基因上的,如果我們發現有罕見突變的這些基因與更常見突變的基因是在同一個信號通路上,那么我們可能就會發現這些罕見突變也同樣重要。
總結
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