现在基因测序的瓶颈主要在哪里?
生活随笔
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现在基因测序的瓶颈主要在哪里?
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
其實(shí)這個問題,我想簡單的說一下:一代測序,也就是sanger測序,是最普通的測序的方法,這個方法的原理很簡單,最基本的應(yīng)用就是獲取一段基因的序列信息,其實(shí)題主說的測序應(yīng)用很少應(yīng)該不包括這個方法,至少在我們實(shí)驗(yàn),這個方法還是得到了很大的應(yīng)用的;二代測序,Next-generation Sequencing,又被成為高通量測序,現(xiàn)在主要針對二代測序的平臺主要是illumina測序平臺,lifetech(現(xiàn)在被thermo收購了)的ion torrent平臺,還有之前的Roche 454平臺,這些平臺都各有各的優(yōu)勢,454的讀長長,illumina通量高,時間快,ion torrent成本較低,但是這三個平臺都沒有客服二代測序最深刻的短板——測序成本相當(dāng)之高。這里說的成本高不只是花錢花的多,而且后期的測序數(shù)據(jù)出來個10個G都是少的,處理這些數(shù)據(jù)需要極強(qiáng)的生物信息學(xué)的背景,這方面的人才的成本真心的高;另外我見過幾個實(shí)驗(yàn)室買過二代測序儀,主要就是Hiseq和ion torrent,但是真正用起來的實(shí)驗(yàn)室真心的少,大部分還是在那貢著吧!!所以說題主說的精度和速度只是其中的一個原因(這兩個就先不吐槽了),想做二代測序,你先成就一個生物信息學(xué)的博士再說吧,否則免談。。。要不就乖乖的送公司做——成本在10-20W之間!!第三代的測序儀,即所謂的單分子測序,可以測的長度很高,但是會引入第二代測序很少出現(xiàn)的indel(插入,缺失)的情況。從數(shù)據(jù)分析上看,高通量,大數(shù)據(jù)的分析,在計算機(jī)的存儲和計算資源的消耗上都是很高的。從實(shí)驗(yàn)室提取DNA,但最后得到分析結(jié)果,中間需要經(jīng)歷 建庫-測序-比對/組裝-變異檢測-注釋等 一系列實(shí)驗(yàn)和數(shù)據(jù)分析過程,第二代測序的方法動輒單個樣本就上T的數(shù)據(jù)量都會使得分析過程耗時耗資源。
總結(jié)
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