迄今为止,最大基因组测序是什么树种?
生活随笔
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迄今为止,最大基因组测序是什么树种?
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是火炬松。火炬松(拉丁學(xué)名:Pinus taeda L.),喬木,在原產(chǎn)地高達(dá)30米;樹皮鱗片狀開裂,近黑色、暗灰褐色或淡褐色;枝條每年生長數(shù)輪;小枝黃褐色或淡紅褐色;冬芽褐色,矩圓狀卵圓形或短圓柱形,頂端尖,無樹脂。針葉3針一束,稀2針一束,長12-25厘米,徑約1.5毫米,硬直,藍(lán)綠色。原產(chǎn)北美東南部。我國廬山、南京、馬鞍山、富陽、安吉、閩侯、武漢、長沙、廣州、桂林、南寧、柳州、梧州等地引種栽培。目前,火炬松正在書寫一段與眾不同的歷史:火炬松的基因組有221.8億個(gè)堿基對——約為人類基因組的7倍多,是目前已完成測序的最大基因組。火炬松原產(chǎn)于美國東南部,是美國南方松中重要的速生針葉用材樹種。在基因測序工作伊始,火炬松就被確定為研究對象。然而,火炬松基因組的龐大規(guī)模給傳統(tǒng)的全基因組“鳥槍法”測序(只能對短的基因組片段進(jìn)行測序)出了一道難題。新研究中,研究人員改進(jìn)了原有的“鳥槍法”——利用基因克隆方法對多帶帶的DNA片段進(jìn)行預(yù)處理,因而能夠更容易地拼裝出一個(gè)完整的基因組。該團(tuán)隊(duì)發(fā)現(xiàn),82%的火炬松基因組由重復(fù)的基因片段組成——而人類基因組中重復(fù)的基因片段只占25%。研究人員將該結(jié)果發(fā)表于近日的《基因組生物學(xué)》和《遺傳學(xué)》雜志上。研究人員還確定了能解釋火炬松重要特性(例如抗病性、木材形成、應(yīng)激反應(yīng))的基因。
總結(jié)
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