選取成組的樣本，如癌組織、癌旁組織、轉移癌組織、復發癌組織等。外顯子組測序。同一病人成組樣本間分析，篩選候選變異。不同病人候選變異的成組分析，發掘diver gene。生物學功能研究。

找尋潛在癌基因及抑癌基因，為腫瘤的分子診斷提供參考.全外顯子組測序技術由于對外顯子的高覆蓋而獲得大量的基因樣本。故即使在樣本中腫瘤細胞含量較少和（或）樣本純度差異較大的情況下，其仍可較好的對外顯子區域的基因突變進行測定，從而進一步確定腫瘤相關癌基因及抑癌基因，為腫瘤的早期診斷提供依據.對14位配對的正常人及轉移黑素瘤患者進行比較研究，發現TRRAP頻發突變具有致癌功能；患者GRIN2A突變頻率達33%；突變均發生在谷氨酸信號通路的編碼區域，通過該信號通路的修飾達到抑制腫瘤生長成為潛在的治療手段。

突變過度積累可導致惡性腫瘤的發生。腫瘤細胞高度的遺傳異質性極大地制約了對腫瘤遺傳因素的發掘。此外,腫瘤突變大部分為新生體細胞突變,傳統的GWAS在腫瘤遺傳學研究中越來越捉襟見肘。Chang等利用外顯子組測序對8種常用的癌癥細胞系進行測序分析,結果顯示對眾多已知突變位點的分型結果與用Affymetrix SNP array6.0芯片的分型結果具有高度的一致性(95%)。這表明外顯子組測序應用于癌癥基因組的研究不僅廉價,而且十分可靠。近年來,利用全外顯子組測序已經成功鑒定出多種腫瘤的眾多變異。Brastianos等利用外顯子組測序發現在92%(11/12)的顱咽管瘤患者中發現CTNNB1具有突變：其中3例乳頭狀顱咽管瘤患者為位于BRAF編碼區的點突變(p.Val600Glu),擴大樣本對該位點進行分型發現,約95%(36/39)的患者具有該點突變。Li等在57例膽囊癌-癌旁組織對照樣本中利用外顯子組測序發現多個患者中存在TP53(47.1%)、ERBB3(11.8%)和KRAS(7.8%)的突變;此外,ErbB通路相關基因在36.8%的患者中存在突變,提示該通路可能廣泛參與膽囊癌的發生發展。Kakiuchi等對30例彌漫性胃癌樣本進行外顯子組測序,并在57例樣本中進行驗證發現25.3%的彌漫性胃癌患者中存在RHOA的點突變,這些點突變主要有Tyr42、Arg5和Gly17等。

總結

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