斑點雜交主要是用來檢測細胞基因拷貝數的變化或者mRNA含量的變化。其操作簡便，提取的核酸不需經電泳和轉印，直接點在支持膜上。其優點是在同一張支持膜上可以點多份樣品，便于較大規模的檢測和篩選。其缺點是容易出現假陽性，需要設立嚴格的樣品對照。

目前斑點雜交主要用于基因缺失或拷貝數改變的檢測，一般有以下幾個應用DNA斑點雜交：①先將膜在水中浸濕，再放到15×SSC中。②將DNA樣品溶于水或TE，煮沸5min，冰中速冷。③用鉛筆在濾膜上標好位置,將DNA點樣于膜上,每個樣品一般點μl(2~10μg DNA)。④將膜烘干，密封保存備用。RNA斑點雜交：與上法類似，每個樣品至多加10μg總RNA（經酚/ 氯仿或異硫氰酸胍提取純化 ），方法是將RNA溶于5μlDEPC水，加5μl 甲醛 /SSC 緩沖液 （10×SSC中含6.15mol/L甲醛），使RNA變性，然后取5-8μl點樣于處理好的濾膜上，烘干。完整細胞斑點雜交：應用類似檢測細菌 菌落的方法，可以對細胞培養物的特異序列進行快速檢測，將整個細胞點到膜上，經NaOH處理，使DNA暴露、變性和固定，再按常規方法進行雜交與檢測。 有人曾用此法從105個培養細胞中檢測到至少5pg的Epstein-Barr 病毒 DNA。 完整細胞斑點印跡法可以用于篩選大量標本，因為它使細胞直接在膜上溶解，所以DNA含量甚至比常用的提取法還高，又不影響與32P標記的探針雜交，但它不適用于非放射性標記探針，因為DNA純度不夠，會產生高本底 。

總結

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