當(dāng)前位置：
首頁 >
用blastn比对自己建立的数据库
發(fā)布時(shí)間：2023/10/11
89
老码农
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
用blastn比对自己建立的数据库
小編覺得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
自己感興趣的一些序列作為數(shù)據(jù)庫，然后用blastn把測(cè)序的read比對(duì)到自己建立的數(shù)據(jù)庫中。
1.用fasta文件創(chuàng)建blast數(shù)據(jù)庫
makeblastdb
-in input_file
-input_type type #輸入的文件類型：String, `asn1_bin', `asn1_txt',
`blastdb', `fasta'
-dbtype molecule_type #要生成的數(shù)據(jù)庫類型：String, `nucl', `prot'
-title database_title
-parse_seqids #保持fasta文件內(nèi)的序列名，否則程序會(huì)給它重新安排一個(gè)名詞。
-out database_name
2.然后用blastn比對(duì)
blastn
-query #要比對(duì)的文件，接收fasta文件。
-db #要比對(duì)的數(shù)據(jù)庫，用makeblastdb生成數(shù)據(jù)庫會(huì)產(chǎn)生6個(gè)文件，只要寫數(shù)據(jù)庫的名詞即可，后綴不要寫。
-out #輸出文件
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的用blastn比对自己建立的数据库的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇： C++Builder 也有StringB
- 下一篇： 动态路由协议（2）--rip