現(xiàn)在測(cè)序有好幾代測(cè)序，包括第一代測(cè)序、第二代測(cè)序、第三代測(cè)序。從測(cè)序儀上講：第一代的測(cè)序方法，主要是sanger測(cè)序，準(zhǔn)確性高，測(cè)序長(zhǎng)度好（1K以上），但是測(cè)序通量低，而且價(jià)格昂貴。第二代測(cè)序儀，主要有illumina的，solid和454幾個(gè)常用的測(cè)序平臺(tái)。第二代測(cè)序儀最大的有點(diǎn)就是價(jià)格便宜，通量非常高，準(zhǔn)確性99%。 但是illumina主要的問題是測(cè)序長(zhǎng)度短，100bp以上錯(cuò)誤率就會(huì)大大提高。另外兩個(gè)可以更長(zhǎng)，但是成本也略比illumina高。短序列的reads在做基因組裝的時(shí)候，遇到大的重復(fù)片段就會(huì)很麻煩。第三代的測(cè)序儀，即所謂的單分子測(cè)序，可以測(cè)的長(zhǎng)度很高，但是會(huì)引入第二代測(cè)序很少出現(xiàn)的indel（插入，缺失）的情況。這三代測(cè)序基本特點(diǎn)是：一代：通量太低，要拿到足夠的數(shù)據(jù)就非常費(fèi)錢。一代的Sanger測(cè)序的讀長(zhǎng)比較長(zhǎng)（可以有七八百），而且比較方便測(cè)簡(jiǎn)單樣品。缺點(diǎn)是單位價(jià)格高，而且樣品必須是單一的。如果不是，你就得通過克隆文庫一類的手段把樣品弄成單一的。這成本和人力就高了去了。二代：通量大，特別是Hiseq，一個(gè)lane跑下去估計(jì)夠一代的跑好幾個(gè)月甚至一年，所以相對(duì)來說成本低很多；但是讀段太短，要拼長(zhǎng)很困難，所以瓶頸主要在拼接組裝的算法上，因?yàn)槠唇油葴y(cè)序要費(fèi)時(shí)費(fèi)力的多。二代里面，454前幾個(gè)月死掉了。illumina用的較多，現(xiàn)在可以雙端150或者犧牲通量達(dá)到雙端250，已經(jīng)快達(dá)到了454的長(zhǎng)度。現(xiàn)在illumina用得最多，在基因組、轉(zhuǎn)錄組等領(lǐng)域都有用。缺點(diǎn)是有的時(shí)候單個(gè)樣品的測(cè)序通量嫌高，barcode不夠用，不能用更多樣品分?jǐn)偼俊ＨF(xiàn)在貌似還不成熟，聽說錯(cuò)誤率比較高。

總結(jié)

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