連鎖不平衡又稱等位基因關聯，是一種在染色體上發生的現象，因為在染色體上存在距離很近的兩個位點，位置接近的兩個位點上的對應特定等位基因就會有很大概率經常同時出現在同一條染色體上，也就是說，連鎖位點的等位基因間會有非隨機組合。比如某個生物群體中，按照道理說，基因在遺傳給子代的過程中應按照隨機分配的原則分配給子代的，但是實際上情況并不如此，某些基因經常會以一定的幾率組合后再一起遺傳給子代，不同遺傳標記間存在的非隨機組合。這種按照非隨機組合的想象就是連鎖不平衡。或者通俗的說，傳遞到子代的一些基因存在緊密連鎖，而有的不連鎖。因為本身基因都應該是連鎖一起傳給f1代的，但是因為有等位基因的交換所以人們很難判斷到底誰連鎖誰不連鎖。連鎖不平衡是基因傳遞中發生的一種普遍的現象，所以人們在你篩選遺傳病時就無法確認雜合子的后代到底是不是遺傳了疾病基因。這就需要找到和致病基因緊密連鎖的marker，從而可以定位研究突變。連鎖不平衡這種基因現象有助于人們發現致病基因。連鎖不平衡的出現可能有三個原因，等位基因頻率不同的群體相混合的時間不足以產生完全的隨機化，兩個基因位點之間的距離非常接近不能被重組分開，或者由于自然選擇保持較高的頻率。

總結

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