怎么根据多条SNP的解读结果得到最终结论?比如秃头
生活随笔
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怎么根据多条SNP的解读结果得到最终结论?比如秃头
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
個人覺得,如果一個表型和多個SNP相關(guān),第一查文獻(xiàn),第二查算法,或者第三有相應(yīng)的數(shù)據(jù)庫支撐。例如,華法林用藥原則,參考的是:WarfarinDosing.org
給一個參考吧。SNPedia有一種叫Genoset的類別,就是用多個SNP來判斷是否會有某種癥狀。Genoset是一個布爾值(Boolean),即是(true/present)和否(false/absent)。具體到你說的禿頭(Baldness),可參考http://www.snpedia.com/index.php/Baldness。其中提到一些相關(guān)的SNP以及一個Genoset即Gs122。再從這個網(wǎng)頁(http://www.snpedia.com/index.php/Gs122/criteria)可以看出Gs122的邏輯運(yùn)算標(biāo)準(zhǔn)是:gs122 looks for increase risk of baldness based on rs6625163(A;A) 1.2 (increased risk of baldness)rs1160312(A;A) 2 (1.6x increased risk of Male Pattern Baldness.)rs201571(T;T) 2 (more likely to go bald)rs6036025(G;G) 1.2 (more likely to go bald)and(not(gs145), rs6625163(A;A), or(rs1160312(A;A), and(rs201571(T;T),rs6036025(G;G))))其中還有一個gs145,查詢后得知是判斷性別為女性的Genoset,再看它的運(yùn)算邏輯,呵呵,原來是用那么些SNP來判斷性別的啊,作為新手的我覺得還是很有趣的。
給一個參考吧。SNPedia有一種叫Genoset的類別,就是用多個SNP來判斷是否會有某種癥狀。Genoset是一個布爾值(Boolean),即是(true/present)和否(false/absent)。具體到你說的禿頭(Baldness),可參考http://www.snpedia.com/index.php/Baldness。其中提到一些相關(guān)的SNP以及一個Genoset即Gs122。再從這個網(wǎng)頁(http://www.snpedia.com/index.php/Gs122/criteria)可以看出Gs122的邏輯運(yùn)算標(biāo)準(zhǔn)是:gs122 looks for increase risk of baldness based on rs6625163(A;A) 1.2 (increased risk of baldness)rs1160312(A;A) 2 (1.6x increased risk of Male Pattern Baldness.)rs201571(T;T) 2 (more likely to go bald)rs6036025(G;G) 1.2 (more likely to go bald)and(not(gs145), rs6625163(A;A), or(rs1160312(A;A), and(rs201571(T;T),rs6036025(G;G))))其中還有一個gs145,查詢后得知是判斷性別為女性的Genoset,再看它的運(yùn)算邏輯,呵呵,原來是用那么些SNP來判斷性別的啊,作為新手的我覺得還是很有趣的。
總結(jié)
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