鑒于體內(nèi)DNA結(jié)合譜存在的缺陷,近年來(lái)轉(zhuǎn)錄因子體外DNA結(jié)合譜的研究得到了越來(lái)越多的重視。由于脫離了特定實(shí)驗(yàn)材料(如細(xì)胞、組織)的限制,體外結(jié)合譜研究的實(shí)驗(yàn)過(guò)程處于完全人工控制的環(huán)境中,避免了體內(nèi)一些復(fù)雜的環(huán)境因素如其他因子的干擾等,從而能夠完整地顯示出轉(zhuǎn)錄因子蛋白與DNA結(jié)合的各種重要信息,如特異性、親和性、經(jīng)典模體、非經(jīng)典模體、半位點(diǎn)、間隔序列及加和效應(yīng)等。同時(shí),通過(guò)使用隨機(jī)組合DNA序列,體外結(jié)合譜研究能夠發(fā)現(xiàn)一個(gè)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的所有DNA序列以及對(duì)各序列的相對(duì)親和性,因此能繪制出信息完整的高分辨率DNA結(jié)合譜,這種結(jié)合譜對(duì)鑒定功能靶點(diǎn)及靶基因非常重要。目前,轉(zhuǎn)錄因子體外DNA結(jié)合譜繪制主要依靠雙鏈DNA微陣列芯片技術(shù)、與指數(shù)富集配體系統(tǒng)進(jìn)化技術(shù)相結(jié)合的高通量DNA測(cè)序技術(shù),以及最新出現(xiàn)的高通量測(cè)序-熒光配體互作圖譜分析技術(shù)。

總結(jié)

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