鑒于體內DNA結合譜存在的缺陷,近年來轉錄因子體外DNA結合譜的研究得到了越來越多的重視。由于脫離了特定實驗材料(如細胞、組織)的限制,體外結合譜研究的實驗過程處于完全人工控制的環境中,避免了體內一些復雜的環境因素如其他因子的干擾等,從而能夠完整地顯示出轉錄因子蛋白與DNA結合的各種重要信息,如特異性、親和性、經典模體、非經典模體、半位點、間隔序列及加和效應等。同時,通過使用隨機組合DNA序列,體外結合譜研究能夠發現一個轉錄因子結合的所有DNA序列以及對各序列的相對親和性,因此能繪制出信息完整的高分辨率DNA結合譜,這種結合譜對鑒定功能靶點及靶基因非常重要。目前,轉錄因子體外DNA結合譜繪制主要依靠雙鏈DNA微陣列芯片技術、與指數富集配體系統進化技術相結合的高通量DNA測序技術,以及最新出現的高通量測序-熒光配體互作圖譜分析技術。

總結

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