DNA非編碼序列可以調節基因的活動，如同一道指令一樣，控制著基因。 非編碼DNA是指不包含制造蛋白質的指令，或是只能制造出無轉譯能力RNA的DNA序列。此類DNA在真核生物的基因組中占有大多數。一些控制基因開和關的特殊蛋白(轉錄因子)能特異識別基因附近的非編碼DNA，通過與它們相互作用參與基因的抑制與激活。科學家還發現，大多數基因的開啟和關閉是由附近的非編碼DNA控制的。它們就像是基因的“分子”開關，調節基因的活動。 在非編碼DNA家族中，還有一類特殊的群體，稱為假基因。假基因與基因很像，但卻不能產生功能性蛋白，常常被歸類為“垃圾”DNA。科學家預計，人類假基因的數目竟然與正常基因的數量相似，大約有2萬個左右，目前鑒定的已超過12 000個。研究人員在對小鼠進行遺傳改造的時候偶然造成了一個假基因的缺失，該小鼠的后代發生嚴重的先天性缺陷，并且壽命急劇縮短，可見這種假基因的作用不可小視，它對健康生命是必須的。該假基因是其對應的基因Makorin1的缺陷拷貝，長度不到其一半大，只能產生小分子mRNA(蛋白質合成的中介物)，卻不能合成蛋白質。盡管很小，但是這種“假RNA”有保護真基因免受破壞的功能。如果這個假基因在小鼠或者人類細胞中丟失的話，真基因的功能也不能正常發揮。研究人員推測，可能是由于假基因RNA看起來像Makorin1，它們掩護真基因，通過“犧牲”自己將不利因素引開，而保護真基因免受干擾。這可能是一種新的基因調節的方法。 非編碼DNA還能通過合成調節性RNA發揮功能。這些RNA并不是為了合成蛋白質，但卻在生命的舞臺上扮演著不同的角色。迄今為止，細胞中的rRNA、tRNA、snRNA、asRNA、snoRNA、miRNA、piRNA都是非編碼“垃圾”DNA合成的。它們參與到基因活化、基因沉默、基因印記、劑量補償、蛋白合成與功能調節、代謝調控等眾多生物學過程中。 此外，“垃圾”DNA中還存在大量的重復DNA序列，這些DNA看似沒有意義也不能編碼蛋白質，卻能形成特殊的DNA高級結構，并以此調節附近基因的活性。

總結

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