ChIP技術很難反映轉錄因子在基因組中的所有DNA結合信息,相應地難以顯示出所有靶基因信息。此外ChIP技術繪制的體內DNA結合譜基本上沒有反映出轉錄因子對各DNA靶點結合的親和性信息,而轉錄因子與不同DNA結合靶點相互作用的特異性和親和性差異,可能形成轉錄因子對不同靶基因表達的精密微調。截止目前,借助ChIP技術鑒定的轉錄因子靶基因數量還比較有限,難以繪制出轉錄因子完整的靶基因轉錄調控網絡。盡管基于ChIP的體內結合譜研究技術還存在上述缺點,但ChIP技術仍然是目前研究轉錄因子體內結合靶點的難以替代的核心技術,因此該技術在轉錄因子體內結合譜的研究中仍將發揮重要作用。

總結

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