單堿基延伸法基本原理與直接測序方法相同,從本質上講是測SNP位點一個堿基的序列,所以也被稱作Mini-Sequencing。該方法目前已經在多種儀器平臺上得到應用,包括:毛細管DNA測序儀,飛行時間質譜儀,偏振光酶標儀。該方法的優點是可以允許3-10個SNP位點在一個反應管中分型,從而降低了分析成本。缺點是實驗步驟與測序一樣多,在做多重分析時往往成功率降低,需要優化條件。通量是每天2萬-20萬個分型。

樓主所說的單堿基延伸法，是ABI公司的SNaPshot方法，原理類似于Sanger測序法，我們首先通過特異性的PCR富集出包含目的SNP的目標片段，純化完引物，單鏈核苷酸后，進行延伸反應，SNaPshot Kit中含有許多熒光標記的ddNTP，我們設計出一條緊挨著SNP位點的延伸引物，這樣在反應中，他只會延伸出一個堿基（ddNTP會終止延伸反應），這樣延伸出的單鏈核苷酸片段帶有了熒光，在毛細管電泳中可以在對應的位置出現對應的顏色峰，純合子就是一道峰，而雜合子則是兩個峰。

總結

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