目前用于轉錄組數據獲得和分析的方法主要有基于雜交技術的芯片技術包括cDNA芯片和寡聚核苷酸芯片，基于序列分析的基因表達系列分析SAGE （serial analysis of gene expression，SAGE）和大規模平行信號測序系統MPSS(massively parallel signature sequencing,MPSS)。全面快速地獲得特定細胞或組織在某一個狀態下幾乎所有轉錄本的序列信息和表達信息，從而準確地分析基因表達差異、基因結構變異、篩選分子標記（SNPs）等生命科學的重要問題。

簡而言之，就是在mRNA的水平上進行研究，但是又不完全是，還在于一個強調一個整體性，就是一個所有的概念。這種研究方式是在基因組學的基礎上進一步，它代表的是所有表達的基因間的互相關系。

轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有mRNA。研究轉錄組的一個重要方法就是利用DNA芯片技術檢測有機體基因組中基因的表達。從基因組DNA轉錄的基因總和，即轉錄組，也稱味表達譜，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。而研究生物細胞中轉錄組的發生和變化規律的科學就稱為轉錄組學(transcriptomics)。

這是一個概念性問題， 轉錄組是特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，包括ｍＲＮＡ和非編碼ＲＮＡ。RNA-Seq是最近發展起來的利用深度測序技術進行轉錄分析的方法，這種技術已經改變了我們對真核轉錄認識的程度和復雜性，與其他技術相比，RNA-Seq能更準確的測量轉錄水平。RNA-seq技術可以對全轉錄組進行系統的研究。目前已被廣泛的應用于功能基因組、癌癥與其它復雜疾病、農業資源和微生物學等研究領域。研究結果已被發表于Nature, Science, the New England Journal of Medicine等權威學術期刊。

轉錄組學（transcriptomics），是一門在整體水平上研究細胞中基因轉錄的情況及轉錄調控規律的學科。簡而言之，轉錄組學是從RNA水平研究基因表達的情況。轉錄組即一個活細胞所能轉錄出來的所有RNA的總和，是研究細胞表型和功能的一個重要手段。

總結

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