三股螺旋DNA也稱為三鏈DNA , 其結構是在DNA雙螺旋結構的基礎上形成的。雙螺旋通過Watson-Crick 氫鍵穩定, 而三股螺旋尚需通過Hoogsteen 氫鍵穩定。三條鏈均為同型嘌呤或同型嘧啶, 既整段的堿基均為嘌呤或嘧啶。根據三鏈的組成和相對位置分為兩種基本類型：①嘌呤-嘌呤-嘧啶型 (Pu-Pu-Py型，Pu代表嘌呤，Py代表嘧啶), 在堿性介質中穩定；②嘧啶-嘌呤-嘧啶型 (Py-Pu-Py 型) 在偏酸性pH中穩定。其中兩條鏈為正常雙螺旋, 第三條嘧啶鏈位于雙螺旋的大溝中，它與Pu鏈的方向一致，并隨雙螺旋結構一起旋轉。三鏈DNA的兩種類型有４種同分異構體。三鏈中堿基配對符合Hoogsteen模型，第三堿基在 Py-Pu-Py 型中為T=A=T、C+≡G≡C (與鳥嘌呤形成Hoogsteen鍵的“C”必須質子化) 配對；在Pu-Pu-Py型中存在G≡G≡C、A=A=T配對。當DNA雙鏈中含有H-回文序列 (H-palindrone) 時，既某區段DNA兩條鏈分別為Hpu和Hpy，并且各自為回文結構時，任一條回文結構的5′和3′部分都可以形成分子內三股螺旋結構及剩余的半條回文結構游離單鏈。在一定條件下，含H-回文序列DNA 還可形成小瘤DNA (nodule DNA)，它在中性溶液中穩定。

三螺旋DNA不是DNA在自然態下的主要結構，而是在特定的條件下形成的。 它是由一條ODN通過與雙鏈DNA形成Hoogsteen鍵或反Hoogsteen鍵，在其大溝處緊密纏繞而成。具體就是富含嘧啶的ODN與雙鏈DNA的富含嘌呤的鏈以平行的方式鍵合，形成Hoogsteen鍵；富含嘌呤的ODN與雙鏈DNA的富含嘌呤的鏈以反平行的方式鍵合，形成反Hoogsteen鍵。三股和雙股螺旋DNA結構并存的重要意義是：用確鑿無疑的結構證據證明核酸雜交不僅有堿基之間的氫鍵，也有堿基之間的堆積力，且比重很大。這就推翻了傳統核酸雜交的理論平臺，基因研究將要從頭來！這就是出現四維核酸分子雜交（4DH）的根本原因。

總結

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