衛星DNA可以分為三類：①大衛星DNA(macro-satellite)也稱經典衛星DNA，是在CsCl密度梯度離心時發現的。將基因組DNA打斷成為約104堿基對大小的片段，加入到CsCl溶液進行超速離心形成密度梯度，原核生物DNA可顯示一條寬帶，而真核生物DNA除形成同樣的主要寬帶外，還出現其他條帶，這些條帶中的DNA稱為衛星DNA。②小衛星DNA是由中等大小的串聯重復順序構成，分布在所有染色體，又可以分為高度可變的小衛星DNA和端粒DNA。前者重復單位約9-24bp，重復次數變化很大，呈高度多態性。其核心序列是GGGCAGGAXG，可能與DNA的同源重組有關。③微衛星DNA(micro-satellite)是一類更簡單的寡核苷酸串聯重復序列，其重復單位為1-5bp，重復次數10-60次左右，其總長度通常小于150bp，分布在所有的染色體。常見的是以(AC)n和(TG)n的二聚核苷酸為重復單位，存在于內含子、間隔DNA中，也可以存在于編碼區，編碼區的重復順序均為3個堿基組成的重復單位，如人雄激素受體基因內的(AGC)n。

衛星DNA也可以按其浮力密度的大小可以分成I、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ四類，其浮力密度分別是1.687、1.693、1.697和1.700g/cm3。衛星DNA還有另一些分類的名稱，如α衛星DNA是靈長類特有的單元為171bp的高度重復序列，最初是在非洲青猴基因組中發現，已經確定分布在人染色體的著絲粒區。β衛星DNA家族是單元為68bp的串聯重復序列，富含GC。γ衛星DNA是220bp的串聯重復。

總結

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