大家通常比較關(guān)注這個問題，然而事實并非如此。組裝結(jié)果是評價一個物種基因組項目結(jié)果好壞的重要的指標(biāo)，如Scaffold N50的長度、基因組的覆蓋率等。其中，Scaffold N50是指通過shotgun文庫測序的數(shù)據(jù)及mate pair文庫的數(shù)據(jù)組裝后得到的所有Scaffold按照長度從大到小的順序依次累加，待總和為所有Scaffold總長一半時遇到的那個Scaffold長度。因此，Scaffold N50越長說明組裝結(jié)果越好。最理想的組裝結(jié)果是物種有幾條染色體就組裝得到幾個Scaffold，即每個Scaffold都是一條染色體。基因組覆蓋率是指組裝得到的序列占物種基因組大小的比例，假如一個物種的基因組大小是1Gb，組裝得到0.8Gb，則基因組覆蓋率為80%。然而，由于物種基因組中重復(fù)序列的存在及基因組雜合度的影響，大型真核生物的全基因組測序項目很難達(dá)到100%的覆蓋率?？v觀全基因組測序項目發(fā)表的文章，小麥基因組項目連續(xù)發(fā)表3篇Nature文章，而Scaffold N50只有19Kb及60多Kb；發(fā)表在Nature雜志的輪蟲基因組Scaffold N50為僅259Kb。然而，發(fā)表在Nature Communication雜志的雙峰駝基因組Scaffold N50高達(dá)2Mb多；發(fā)表在GB雜志的中國蓮基因組Scaffold N50達(dá)3.4Mb。從這些案例中不難看出，組裝結(jié)果對文章檔次的影響并非至關(guān)重要的。當(dāng)文章的其他方面如分析等處于同等水平時，更好的組裝結(jié)果會使文章錦上添花，然而反之未必亦然。

總結(jié)

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