NIPT作為一個新生事物，在倫理和實操方面產生了新的問題。如，檢測資質、質量標準。更重要的是涉及到胎兒性別這樣的敏感信息處理、貧富之間平等的待遇，針對患者和檢測機構必要的培訓教育等等問題。

產前檢測在監管方面的空白，許多發展中國家在制定新的生殖技術相關監管法規方面顯得困難重重。例如在著床前遺傳學診斷或體外受精胚胎遺傳學診斷方面，NIPT如何適應或改變現有法律法規仍是一個待解決的問題。

還有一個性別鑒定的問題。NIPT技術確定胎兒性別，在時間上遠早于目前常見的超聲波鑒定性別的方式。然而，胎兒性別鑒定已經可以通過尿液或唾液采樣檢測，信息可以繞過監管，由檢測機構直接給到消費者，這導致監管在許多地區失效。所以，在性別鑒定方面，也面臨一定的 問題。

總結

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