基因連鎖圖就是我們常說的遺傳圖譜或染色體圖，是以多態性遺傳標記為界標，通過計算在細胞減數分裂過程中，由于同源染色體間交換所導致的遺傳標記間發生重組的頻率，來確定這兩個標記間在染色體上的相對位置的圖譜。

摩爾根證明了基因位于染色體上。但一種生物的基因數目遠遠多于染色體的數目，因而一條染色體上存在多個基因，就成為一個必然的推論。很多基因存在于同一條染色體上，稱為基因連鎖（linkage）。這就合理地解釋了生物性狀的連鎖遺傳現象。1906年貝特森和龐尼特（R·C·Punnett）就已經在甜豌豆中發現了生物性狀的連鎖遺傳現象，但當時他們無法對此做出解釋。1911年摩爾根提出，果蠅的白眼、黃身和小翅基因連鎖于X染色體上，以染色體遺傳學說解釋了生物性狀的連鎖遺傳現象。由于在生殖細胞形成過程中，細胞中配對的染色體之間發生片段的交換，使后代出現少量不同親代的連鎖類型，交換類型總是以一定的比例（稱為交換值）出現。1913年，摩爾根的學生，當時21歲的斯特蒂文特（A·H·Stutervant）提出以交換值作為染色體上基因相對距離的想法。在此基礎上，制作了關于染色體上基因之間位置關系及其距離的“基因連鎖圖”。由于對染色體遺傳理論的貢獻，摩爾根于1933年榮獲諾貝爾生理學醫學獎。

總結

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