RNA测序可靠性如何?
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RNA测序可靠性如何?
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
RNA測序也就是所謂的RNA-seq,通常指的是轉(zhuǎn)錄組測序,只測細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄本,只有基因組中被轉(zhuǎn)錄出來的那部分能測到,通常用于尋找差異表達(dá)基因以及發(fā)現(xiàn)新基因。DNA測序是測基因組,不管轉(zhuǎn)錄不轉(zhuǎn)錄,通常用于基因組組裝,重測序進(jìn)行基因分型等。相對而言,RNA測序影響準(zhǔn)確度的因素要多一些。
DNA測序是將RNA反轉(zhuǎn)錄成DNA然后測序,在反轉(zhuǎn)錄的過程中會存在一定小概率的錯配、缺失等。 轉(zhuǎn)錄組測序主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA。
最近,由美國FDA牽頭的測序質(zhì)量控制(SEQC)項目對RNA測序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評估,并將初步調(diào)查結(jié)果發(fā)表在近日的Nature Biotechnology雜志上。研究人員發(fā)現(xiàn),所有測序深度都會出現(xiàn)未注釋的外顯子-外顯子連接區(qū)域,其中80%以上都得到了qPCR的驗證。用RNA測序檢測相對表達(dá)可以得到準(zhǔn)確且可重復(fù)的結(jié)果,但RNA測序和芯片都不能提供精確的絕對測量,而且研究用到的平臺都存在基因特異性的偏好,包括qPCR。數(shù)據(jù)分析的算法也會對RNA測序產(chǎn)生很大影響,不同算法生成的轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)差異很大。
整體來說還是可靠的,雖說會有些許錯配但是不會太影響。如果與DNA測序相比,還是有所不如的~
DNA測序是將RNA反轉(zhuǎn)錄成DNA然后測序,在反轉(zhuǎn)錄的過程中會存在一定小概率的錯配、缺失等。 轉(zhuǎn)錄組測序主要通過高通量測序研究特定組織或細(xì)胞在某個時期轉(zhuǎn)錄出來的mRNA。
最近,由美國FDA牽頭的測序質(zhì)量控制(SEQC)項目對RNA測序的準(zhǔn)確性、可重現(xiàn)性和信息含量進(jìn)行了綜合性評估,并將初步調(diào)查結(jié)果發(fā)表在近日的Nature Biotechnology雜志上。研究人員發(fā)現(xiàn),所有測序深度都會出現(xiàn)未注釋的外顯子-外顯子連接區(qū)域,其中80%以上都得到了qPCR的驗證。用RNA測序檢測相對表達(dá)可以得到準(zhǔn)確且可重復(fù)的結(jié)果,但RNA測序和芯片都不能提供精確的絕對測量,而且研究用到的平臺都存在基因特異性的偏好,包括qPCR。數(shù)據(jù)分析的算法也會對RNA測序產(chǎn)生很大影響,不同算法生成的轉(zhuǎn)錄本數(shù)據(jù)差異很大。
整體來說還是可靠的,雖說會有些許錯配但是不會太影響。如果與DNA測序相比,還是有所不如的~
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的RNA测序可靠性如何?的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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