《Science》报道"跳跃基因"介导癌症基因组中的非重复DNA转导?
生活随笔
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《Science》报道"跳跃基因"介导癌症基因组中的非重复DNA转导?
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由韋爾科姆基金會(huì)桑格學(xué)院研究所領(lǐng)導(dǎo)的一個(gè)研究組在新研究中,只鑒別出72個(gè)LINE-1元件在癌癥基因組中復(fù)制了自身,并發(fā)現(xiàn)LINE-1的甲基化對(duì)開關(guān)這些元件起至關(guān)重要的作用。這提示了一些有關(guān)環(huán)境因素對(duì)腫瘤演化影響的問(wèn)題。17%的人類基因組都是由稱作為L(zhǎng)INE-1元件的“寄生”重復(fù)dna片段構(gòu)成,有時(shí)候這些LINE-1會(huì)自我復(fù)制并移動(dòng)到基因組中新的位點(diǎn)。較為少見的是,它們會(huì)異常地?fù)炱鹨粔K鄰近的非LINE-1 DNA,將它復(fù)制到新的位點(diǎn):這一過(guò)程被稱之為L(zhǎng)INE-1轉(zhuǎn)導(dǎo)。通過(guò)檢測(cè)來(lái)自12種不同癌癥類型的290個(gè)腫瘤樣本,由領(lǐng)導(dǎo)韋爾科姆基金會(huì)桑格學(xué)院研究所的一個(gè)研究組發(fā)現(xiàn)了LINE-1元件唯獨(dú)在腫瘤中被動(dòng)員的3,000個(gè)位點(diǎn)。在24%的位點(diǎn)中,LINE-1將一些非重復(fù)DNA片段轉(zhuǎn)導(dǎo)到了基因組的其他位點(diǎn),有時(shí)候動(dòng)員了外顯子,甚至整個(gè)基因。研究人員認(rèn)為,這有可能是由于一些環(huán)境因素導(dǎo)致的甲基化水平發(fā)生改變所引起。研究人員開發(fā)出了一種算法來(lái)搜索癌癥樣本基因組,鑒別出了一些移動(dòng)LINE-1元件的起始位點(diǎn)和隨后的位置。引人注目的是,從人類基因組的500,000個(gè)LINE-1元件中,該研究只鑒別出72個(gè)LINE-1元件在癌癥基因組中復(fù)制了自身。有兩個(gè)LINE-1元件導(dǎo)致了該研究中鑒別的三分之一的轉(zhuǎn)導(dǎo)事件。研究人員還在一個(gè)腫瘤中隨時(shí)間分析了LINE-1元件的活性。他們發(fā)現(xiàn)一些不同的元件在不同的位點(diǎn)活化和失活。
總結(jié)
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