第二代測序技術能為腫瘤細胞中基因組的改變提供洋細、特異的信息,并且能以較低的成本捉供海量數據,這就為腫瘤組織基閌組分析提供了一條便捷之路,最近,有報道稱對于急性粒細胞白血病的全叢因組測序己經通過丨llumina/Solexa測序完成,這為腫瘤基因組學的進一步深入研究提供了良好的平臺和工具。

1??腫瘤基因組序列的再測序??高通量測序可以幫助研究者跨過文庫構建這一實驗步驟，避免了亞克隆過程中引入的偏差。?依靠后期強大的生物信息學分析能力，對照一個參比基因組（reference?genome）高通量測序技術可以非常輕松完成基因組重測序（re-sequencing）。進而可以分析腫瘤基因組的拷貝數、多態性、不同類型的突變、基因相關性等。2??全基因組基因表達譜的分析??Mortazavi等人對小鼠的大腦、肝臟和骨骼肌進行了RNA?深度測序，這項工作展示了深度測序在轉錄組研究上的兩大進展，表達計數和序列分析。對測得的每條序列進行計數獲得每個特定轉錄本的表達量，是一種數碼化的表達譜檢測，能檢測到豐度非常低的轉錄本。分析測得的序列，約90%的數據顯示落在已知的外顯子中，同時，也發現了許多序列并不在已知的外顯子序列中，而那些在已知序列之外的信息，通過數據分析展示的是從未被報道過的RNA剪切（alternative?splicing）、3’端非翻譯區、變動的啟動子（alternative?promoter）以及潛在的小分子RNA前體，發現至少有3?500個基因擁有不止一種剪切形式。而這些信息用傳統技術是無法被發現的。新一代高通量測序技術還被用于對基因轉錄起始位點的研究，例如，Balwierz等利用高通量測序技術分析了122個樣本的轉錄起始位點，構建了人和鼠的啟動子轉錄起始位點圖譜，包括轉錄起始位點、轉錄起始簇和轉錄起始區域三個層次。同樣，這項研究也是很難用傳統的方法實現的。3??全基因組小分子RNA的分析??測序方法能輕易地解決芯片技術在檢測小分子時遇到的技術難題（短序列，高度同源），?而且小分子RNA的短序列正好配合了高通量測序的長度，使得數據“不浪費”，同時測序方法還能在實驗中發現新的小分子RNA。4??全基因組層次上甲基化分析??近年來研究者不斷探索定性及定量檢測單個或多個甲基化位點的方法，但由于甲基化多態性區域存在的密度很高，所以對于常規的延伸反應，其引物的位置很難設計。焦磷酸測序技術能夠快速地檢測甲基化的頻率，對樣品中的甲基化位點進行定性及定量檢測。5 染色體結構的分析 在DNA-蛋白質相互作用的研究上，染色質免疫沉淀-深度測序（ChIP-seq）實驗也展示了其非常大的潛力 。染色質免疫沉淀以后的DNA直接 進行測序，對比ref seq可以直接獲得蛋白DNA結合的位點信息，相比ChIP-chip，ChIP-seq可以檢測更小的結合區段、未知的結合位點、結合位點內的突變情況和蛋白親合力較低的區段。和基因芯片一起，新一代基因 測序技術，使人們能從整體的全基因組的層次上，認識腫瘤的分子機制，為腫瘤的預防和治療，提供了新的基礎。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的二代测序技术在治疗肿瘤方面有哪些具体的应用？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。