DNA磷硫酰化修饰基因组分布图谱研究进展如何?
生活随笔
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DNA磷硫酰化修饰基因组分布图谱研究进展如何?
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近日,上海交通大學生命科學技術學院、微生物代謝國家重點實驗室在DNA磷硫酰化修飾方面取得突破,《Nature Communications》在線發表了由德林教授研究小組的最新進展《Genomic mapping of phosphorothioates reveals partial modification of short consensus sequences》。DNA磷硫?;揎棌V泛存在于細菌中,與細菌的自我防衛機制緊密相關,然而其序列特異性及在細菌基因組中的分布情況尚無報道。本工作以大腸桿菌Escherichia coliB7A為研究對象,建立了單分子實時測序(single molecule real-time sequencing,SMRT)和碘切割依賴的深度測序(deep sequencing of iodine-induced cleavage at PT,ICDS)兩種新穎的技術,測定了基因組水平DNA磷硫?;揎椢稽c,首次獲得了精確的細菌基因組磷硫?;揎椢稽c分布圖譜。文章鏈接:http://www.nature.com/ncomms/2 ... .html
近日,從上海交通大學獲悉,該校微生物代謝國家重點實驗室由德林研究小組在DNA磷硫?;揎椃矫嫒〉猛黄?。相關成果在線發表于《自然—通訊》雜志。DNA是生命的遺傳物質,由碳、氫、氧、氮、磷五種元素組成。中科院院士鄧子新領銜的團隊在前期工作中發現了DNA上存在一種全新的修飾——磷硫酰化修飾。這一現象被國際同行公認為“迄今為止在DNA骨架上發現的第一個天然修飾”,也是目前在DNA骨架上發現的第六種元素。由德林團隊以大腸桿菌Escherichia coli B7A為研究對象,建立了單分子實時測序和碘切割依賴的深度測序等兩種前沿技術,測定了基因組水平DNA磷硫酰化修飾位點,首次獲得了精確的細菌基因組磷硫?;揎椢稽c分布圖譜。據了解,這兩種測序方法相互補充,測得修飾位點具有保守的GpsAAC/GpsTTC短序列特征。而大腸桿菌中同樣存在一個DNA磷硫酰化修飾—限制系統,并且其基因組中只有部分GAAC/GTTC位點被DNA磷硫?;揎椕缸R別修飾。該發現表明,DNA磷硫?;揎棥拗葡到y不同于經典的甲基化修飾—限制系統,具有特殊的作用機制。
近日,從上海交通大學獲悉,該校微生物代謝國家重點實驗室由德林研究小組在DNA磷硫?;揎椃矫嫒〉猛黄?。相關成果在線發表于《自然—通訊》雜志。DNA是生命的遺傳物質,由碳、氫、氧、氮、磷五種元素組成。中科院院士鄧子新領銜的團隊在前期工作中發現了DNA上存在一種全新的修飾——磷硫酰化修飾。這一現象被國際同行公認為“迄今為止在DNA骨架上發現的第一個天然修飾”,也是目前在DNA骨架上發現的第六種元素。由德林團隊以大腸桿菌Escherichia coli B7A為研究對象,建立了單分子實時測序和碘切割依賴的深度測序等兩種前沿技術,測定了基因組水平DNA磷硫酰化修飾位點,首次獲得了精確的細菌基因組磷硫?;揎椢稽c分布圖譜。據了解,這兩種測序方法相互補充,測得修飾位點具有保守的GpsAAC/GpsTTC短序列特征。而大腸桿菌中同樣存在一個DNA磷硫酰化修飾—限制系統,并且其基因組中只有部分GAAC/GTTC位點被DNA磷硫?;揎椕缸R別修飾。該發現表明,DNA磷硫?;揎棥拗葡到y不同于經典的甲基化修飾—限制系統,具有特殊的作用機制。
總結
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