RNA-seq及RNA測(cè)序，又稱(chēng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，就是把mRNA、smallRNA和no-codingRNA全部或者其中部分用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行測(cè)序分析的技術(shù)。技術(shù)原理：首先，我們獲得細(xì)胞總RNA，然后根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要，比如是需要測(cè)mRNA，ncRNA還是smallRNA等，對(duì)RNA樣品進(jìn)行處理。處理好的RNA再進(jìn)行片段化，然后反轉(zhuǎn)錄形成cDNA，獲得cDNA文庫(kù)，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，最后用新一代高通量測(cè)序依進(jìn)行測(cè)序。相對(duì)于傳統(tǒng)的sanger測(cè)序法，RNA-seq具有以下優(yōu)勢(shì)：1、數(shù)字化信號(hào)：直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度，同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題。 2、高靈敏度：能夠檢測(cè)到細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。 3、任意物種的全基因組分析：無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針，因此無(wú)需了解物種基因信息，能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因，發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本，并精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNP，UTR區(qū)域。 技術(shù)應(yīng)用：1、轉(zhuǎn)錄本結(jié)構(gòu)研究 利用單堿基分辨率的RNA-Seq技術(shù)可極大地豐富基因注釋的很多方面內(nèi)容, 包括 5′/3′邊界鑒定、UTRs區(qū)域鑒定以及新的轉(zhuǎn)錄區(qū)域鑒定等。RNA-Seq還可對(duì)可變剪接(Alternative splicing)進(jìn)行定量研究。2、轉(zhuǎn)錄本變異研究 在發(fā)現(xiàn)序列差異方面，如融合基因鑒定、編碼序列多態(tài)性研究等，RNA-seq也具有很大的潛力。3、非編碼區(qū)域功能研究 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究的一個(gè)重要方面就是發(fā)現(xiàn)和分析ncRNA。 ncRNA按其功能可分為看家ncRNA和調(diào)節(jié)ncRNA。前者通常穩(wěn)定表達(dá),發(fā)揮著一系列對(duì)細(xì)胞存活至關(guān)重要的功能, 主要包括轉(zhuǎn)移RNA(tRNA)、核糖體RNA(rRNA)、小核 RNA(snRNA)及小核仁 RNA(snoRNA)等；后者主要包括長(zhǎng)鏈 ncRNA(lncRNA)和以microRNA為代表的小ncRNA(small ncRNA), 在表觀(guān)遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后等多個(gè)層面調(diào)控基因表達(dá)。4、基因表達(dá)水平研究 相比于傳統(tǒng)的芯片技術(shù)，RNA-Seq技術(shù)能更準(zhǔn)確地確定細(xì)胞中RNA的表達(dá)水平。原則上，RNA-Seq有可能確定細(xì)胞群中的每一個(gè)分子的絕對(duì)數(shù)量，并對(duì)實(shí)驗(yàn)之間的結(jié)果進(jìn)行直接比較。RNA-Seq一個(gè)特別強(qiáng)大的優(yōu)勢(shì)是它可以捕捉不同組織或狀態(tài)下的轉(zhuǎn)錄組動(dòng)態(tài)變化而無(wú)需對(duì)數(shù)據(jù)集進(jìn)行復(fù)雜的標(biāo)準(zhǔn)化。5、低豐度全新轉(zhuǎn)錄本的確定 雖然利用轉(zhuǎn)座子標(biāo)簽和芯片技術(shù)能夠獲得全新的轉(zhuǎn)錄本，但是其工作量大，結(jié)果不確定。而RNA-Seq不受背景噪音問(wèn)題的困擾，結(jié)果準(zhǔn)確性高，因而被用來(lái)發(fā)現(xiàn)全新的轉(zhuǎn)錄本。近年來(lái)對(duì)釀酒酵母、栗酒裂殖酵母、擬南芥、水稻、小鼠、人、和人體白色念珠菌的轉(zhuǎn)錄組測(cè)定結(jié)果都顯示出大量的新轉(zhuǎn)錄區(qū)域，并且其中許多轉(zhuǎn)錄水平都低于已知的cDNA基因。

RNA-Seq(RNA sequencing) 即RNA測(cè)序又稱(chēng)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，就是把mRNAsmallRNA和non-coding RNAncRNA全部或者其中一些用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行測(cè)序分析的技術(shù)。轉(zhuǎn)錄組是指特定組織或細(xì)胞在某一發(fā)育階段或功能狀態(tài)下轉(zhuǎn)錄出來(lái)的所有RNA的總和, 主要包括mRNA和非編碼RNA(non-coding RNA, ncRNA)。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn)是解讀基因組功能原件和揭示細(xì)胞及組織分子組成所必需的。原理：首先獲得細(xì)胞總RNA然后根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要，比如是需要測(cè)mRNA，ncRNA還是smallRNA等，對(duì)RNA樣品進(jìn)行處理。處理好的RNA再進(jìn)行片段化，然后反轉(zhuǎn)錄形成cDNA，獲得cDNA文庫(kù)然后在cDNA片段的兩端接上接頭最后用新一代高通量測(cè)序依進(jìn)行測(cè)序。相對(duì)于傳統(tǒng)的sanger測(cè)序法RNA-seq具有以下優(yōu)勢(shì)：1、數(shù)字化信號(hào)直接測(cè)定每個(gè)轉(zhuǎn)錄本片段序列，單核苷酸分辨率的精確度同時(shí)不存在傳統(tǒng)微陣列雜交的熒光模擬信號(hào)帶來(lái)的交叉反應(yīng)和背景噪音問(wèn)題。2、高靈敏度能夠檢測(cè)到細(xì)胞中少至幾個(gè)拷貝的稀有轉(zhuǎn)錄本。3、任意物種的全基因組分析無(wú)需預(yù)先設(shè)計(jì)特異性探針因此無(wú)需了解物種基因信息能夠直接對(duì)任何物種進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組分析。同時(shí)能夠檢測(cè)未知基因發(fā)現(xiàn)新的轉(zhuǎn)錄本并精確地識(shí)別可變剪切位點(diǎn)及cSNPUTR區(qū)域。

RNA-seq即轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量測(cè)序技術(shù)把它們的序列測(cè)出來(lái)。反映出它們的表達(dá)水平。其原理是：首先獲得細(xì)胞總RNA，主要包括 mRNA和非編碼RNA ，然后根據(jù)實(shí)驗(yàn)需要，對(duì)RNA樣品進(jìn)行處理。處理好的RNA再進(jìn)行片段化，然后反轉(zhuǎn)錄形成cDNA，獲得cDNA文庫(kù)，然后在cDNA片段的兩端接上接頭，最后用新一代高通量測(cè)序依進(jìn)行測(cè)序，就能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的什么是RNA-seq技术？原理是什么？的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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