想系統的學習生信數據庫可以先看一下北大的公開課，有一章專門講的數據庫與軟件：

1-生物信息學：導論與方法  北大\10 生物信息數據庫及軟件資源

一個優秀的生信開發者能夠解決如下問題：

• 如何鑒定一個重要的且沒有被解決的生物學問題？
• 如何將該問題轉化為一個可計算的問題？
• 如何提出一個解決此問題的算法？
• 如何實現該算法？
• 如何評估算法？

生信工具使用者需要解決如下問題：

• 每個方法解決的是哪個生物學問題？
• 該方法有哪些基本的假設？
• 每個參數是什么意思，都是用來干什么的？
• 準確度評估，sensitivity and specificity，tradeoff，應該追求哪一個？
• 生物學問題和方法的局限性？

生信資源的分類：

• 集中資源&獨立資源
• 數據庫&軟件工具
• 原始數據庫&二級數據庫
• 命令行工具&網頁服務器工具

NCBI

EBI

UCSC Genome Browser：基因組瀏覽器，表達調控、變異數據，track，ENCODE 非編碼元件（計劃）

集中資源

	NCBI	EBI	UCSC
鏈接	Database、Tools、Resource List（A-Z）	by topic by name	Table Browser Genome Browser
Tools	BLAST	BLAST、Exonerate、ClustalW2	BLAT、In-Silico PCR
Data Repository	GenBank、GEO、SRA	ArrayExpress、ENA、PDBe	ENCODE
DNA/Genome	Genome	Ensembl、Genomes	Ideogram、Recombination Rate、GC Content
DNA/Gene	Gene	Ensembl	UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes
RNA	RefSeq	Ensembl	mRNAs、ESTs、UniGene
Proteins	Protein, RefSeq、Conserved Domain	UniProt、InterPro、PRIDE
Expression	UniGene	Expression、Atlas	Affy Exon Array、Caltech RNA-seq、Allen Brain
Regulation			Transcription、TFBS、Epigenetics、DNaseI HS
Literature	PubMed
Ontology		Gene Ontology
Comparative Genomics	Taxonomy、HomoloGene	*Ensembl	Conservation、Neandertal
Variation	dbSNP、dbVar	*Ensembl	SNPs、DGV、RepeatMasker
Disease	OMIM、MeSH、dbGaP、ClinVar		GAD、COSMIC、ClinVar、GWAS Catalog、QTLs

獨立資源

?

---

癌癥

DNAnexus Reanalyzes Cancer Genome Atlas Data

DNAnexus完成世界上最大的泛癌癥數據的重分析(附數據下載） - 基因慧

DNANexus：DNANexus專注于建立一個云計算服務器中的DNA數據庫，然后以服務方式將該數據庫提供給研究者和科學家。DNAnexus和谷歌開展技術合作，提供最為全面的DNA數據庫，它可通過美國國家生物技術信息中心（NCBI）下SRA的網站訪問到這些DNA數據（2011年2月，NCBI曾宣布由于聯邦政府削減經費支持逐步淘汰SRA）。

Cancer Genome Atlas：泛癌癥基因組

The Cancer Genome Atlas：就是 TCGA 的全稱，Atlas 古希臘的一個神

TCGA 官網?? User Guides and Help

轉載于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/6182161.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的生物信息大数据数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。