想系統(tǒng)的學(xué)習(xí)生信數(shù)據(jù)庫可以先看一下北大的公開課，有一章專門講的數(shù)據(jù)庫與軟件：

1-生物信息學(xué)：導(dǎo)論與方法  北大\10 生物信息數(shù)據(jù)庫及軟件資源

一個(gè)優(yōu)秀的生信開發(fā)者能夠解決如下問題：

• 如何鑒定一個(gè)重要的且沒有被解決的生物學(xué)問題？
• 如何將該問題轉(zhuǎn)化為一個(gè)可計(jì)算的問題？
• 如何提出一個(gè)解決此問題的算法？
• 如何實(shí)現(xiàn)該算法？
• 如何評(píng)估算法？

生信工具使用者需要解決如下問題：

• 每個(gè)方法解決的是哪個(gè)生物學(xué)問題？
• 該方法有哪些基本的假設(shè)？
• 每個(gè)參數(shù)是什么意思，都是用來干什么的？
• 準(zhǔn)確度評(píng)估，sensitivity and specificity，tradeoff，應(yīng)該追求哪一個(gè)？
• 生物學(xué)問題和方法的局限性？

生信資源的分類：

• 集中資源&獨(dú)立資源
• 數(shù)據(jù)庫&軟件工具
• 原始數(shù)據(jù)庫&二級(jí)數(shù)據(jù)庫
• 命令行工具&網(wǎng)頁服務(wù)器工具

NCBI

EBI

UCSC Genome Browser：基因組瀏覽器，表達(dá)調(diào)控、變異數(shù)據(jù)，track，ENCODE 非編碼元件（計(jì)劃）

集中資源

	NCBI	EBI	UCSC
鏈接	Database、Tools、Resource List（A-Z）	by topic by name	Table Browser Genome Browser
Tools	BLAST	BLAST、Exonerate、ClustalW2	BLAT、In-Silico PCR
Data Repository	GenBank、GEO、SRA	ArrayExpress、ENA、PDBe	ENCODE
DNA/Genome	Genome	Ensembl、Genomes	Ideogram、Recombination Rate、GC Content
DNA/Gene	Gene	Ensembl	UCSC Genes、GENCODE、RefSeq Genes
RNA	RefSeq	Ensembl	mRNAs、ESTs、UniGene
Proteins	Protein, RefSeq、Conserved Domain	UniProt、InterPro、PRIDE
Expression	UniGene	Expression、Atlas	Affy Exon Array、Caltech RNA-seq、Allen Brain
Regulation			Transcription、TFBS、Epigenetics、DNaseI HS
Literature	PubMed
Ontology		Gene Ontology
Comparative Genomics	Taxonomy、HomoloGene	*Ensembl	Conservation、Neandertal
Variation	dbSNP、dbVar	*Ensembl	SNPs、DGV、RepeatMasker
Disease	OMIM、MeSH、dbGaP、ClinVar		GAD、COSMIC、ClinVar、GWAS Catalog、QTLs

獨(dú)立資源

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癌癥

DNAnexus Reanalyzes Cancer Genome Atlas Data

DNAnexus完成世界上最大的泛癌癥數(shù)據(jù)的重分析(附數(shù)據(jù)下載） - 基因慧

DNANexus：DNANexus專注于建立一個(gè)云計(jì)算服務(wù)器中的DNA數(shù)據(jù)庫，然后以服務(wù)方式將該數(shù)據(jù)庫提供給研究者和科學(xué)家。DNAnexus和谷歌開展技術(shù)合作，提供最為全面的DNA數(shù)據(jù)庫，它可通過美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心（NCBI）下SRA的網(wǎng)站訪問到這些DNA數(shù)據(jù)（2011年2月，NCBI曾宣布由于聯(lián)邦政府削減經(jīng)費(fèi)支持逐步淘汰SRA）。

Cancer Genome Atlas：泛癌癥基因組

The Cancer Genome Atlas：就是 TCGA 的全稱，Atlas 古希臘的一個(gè)神

TCGA 官網(wǎng)?? User Guides and Help

轉(zhuǎn)載于:https://www.cnblogs.com/leezx/p/6182161.html

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的生物信息大数据数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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