文章目錄

• • LSM 問題背景
  • MatrixKV 設計細節(jié)
  • • 整體架構介紹
    • Matrix Container介紹
    • • Receiver
      • RowTable
      • Compactor
      • Space management
    • Column Compaction介紹
    • 對于Column Compaction的總結
    • 讀加速 Cross-row Hint Search
    • MatrixKv 寫入完整流程
    • MatrixKV 讀取完整流程
  • MatrixKV 性能
  • 總結

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這篇論文大家可能不了解，但是"華為天才少女 年薪150w" 那個熱搜女孩大家應該聽過。這里分享的這一篇論文是ATC’20 存儲技術相關的頂會今年收錄的一篇，她是一作；去年她的一篇GearDB: A GC-free Key-Value Store on HM-SMR Drives with Gear Compaction 被FAST’19 收錄，她也是一作。

她之前的相關論文并沒有再搜，但從這兩篇頂會以一作的身份來看，她本身的實力不言而喻。存儲技術的頂會大家可以看看相關的官網(wǎng)數(shù)據(jù)，國內被錄入的基本都是頂級互聯(lián)網(wǎng)公司級的團隊產出 以及 知名教授帶領的C9 top學校團隊。她以一作 貢獻最大的身份被錄入，這樣的年薪是實至名歸的（國內還是需要留住優(yōu)秀人才的）。

當然，她所做的技術是數(shù)據(jù)庫/存儲相關的，同樣是TOP級公司極為看重的核心技術，也才會有這樣的優(yōu)質待遇。

回到今天要討論的論文 : MatrixKV:Reducing Write Stalls and Write Amplification 上。

ps：本篇并非論文翻譯，下文的組織形態(tài)是比較簡化的，感覺可能會有信息缺失的同學可以直接看論文。
該論文是基于 rocksdb 5.18.3 版本實現(xiàn)的，源代碼MatrixKV-github

關于rocksdb compaction的一些基礎知識可以參考這兩篇。這是詳解，會涉及到源碼層級的分析。
1. SST文件詳細格式源碼解析
2. Compaction 完整實現(xiàn)過程 概覽

LSM 問題背景

本篇論文關注的問題背景是LSM-tree 帶來的 write-stall 以及 寫放大問題。
都是針對LSM的老生常談的問題，關于write-stall 直接參考SILK- Preventing Latency Spikes in Log-Structured Merge Key-Value Stores 中的Latency Spike 在LSM-tree中的體現(xiàn)即可。

其中Write-Stall的主體原因還是I/O資源的競爭，Higher-level compaction 與更高優(yōu)先級的Flush和L0->L1 compaction的I/O資源進行競爭，導致更高優(yōu)先級的internal 操作無法及時完成，最終體現(xiàn)在客戶端的操作就是Write-stall或者高長尾延時。 而造成write-stall 的主體compaction就是 L0->L1 的compaction過程，這個過程L0重復的key最多，但卻只有一個compaction 線程來做（傳統(tǒng)LSM 在更高層中 sst文件之間以及之內不允許又重疊key），所以效率也很低，這就在大壓力的場景下很大概率造成write-stall。

寫放大問題簡要概述一下，在PebblesDB Building Key-Value Stores using FLSM-Tree(Fragmented) 中的背景描述也有說。
如下圖

L1->L2 compaction的過程中，選擇一部分L1的sst文件，一部分L2的sst文件，compaction之后又寫入到了L2；這樣下一次 又調用的 L1->L2 的compaction 可能又會將之前的寫入的sst文件的key-value讀出來，重新合并排序，再次寫入到L2。這樣，很多key-value不斷的被讀寫，而自己本身并沒有發(fā)生變化。隨著LSM 層數(shù)的增加，讀寫放大的比例會越來越大 WAM = AF *n（wam 是寫放大的倍數(shù)，AF是寫放大的系數(shù)，n是LSM的層數(shù)）。

這就是在Level compaction過程中出現(xiàn)的讀寫放大，帶寬資源有限的情況下用戶態(tài)吞吐會被嚴重限制。

MatrixKV 的出現(xiàn)背景 就是想要在Write stall 和 寫放大上 進行一些優(yōu)化，重心需要放在L0->L1的compaction速度慢問題之上。直接辦法是變更存儲介質（NVM-PMEM），只變更存儲介質，仍然會有write-stall的問題，畢竟L0->L1 compaction速度提升不上來。這里我比較好奇的是論文中并沒有提到subcompaction機制，rocksdb的subcompaction機制本身也是在L0->L1 compaction速度慢的情況下按照sst文件粒度拆分成多個compaction線程并發(fā)來做。

總之，只變更存儲介質為更高性能的（NVM-PMEM）是不夠的，論文中有Novel-LSM 的數(shù)據(jù)可以看到還是有大量write-stall。所以還需要變更L0->L1的數(shù)據(jù)結構，實現(xiàn)算法層的加速。至于，降低寫放大，通過這個公式 WAM = AF *n，論文中直接將 Level層數(shù)減少，比如原來的6層，減少為4層，并增大每一層的容量（這個優(yōu)化略顯尷尬😅）。

NVM-PMEM性能
延時和吞吐 和內存DRAM處于一個量級，注意，是一個量級，實際還會差幾倍。但是相比于NAND ssd 延時好2個量級，帶寬也是有數(shù)倍的提升。

還有一種是DIMM-PMEM 持久內存，兩者的主要差異是I/O傳輸使用的系統(tǒng)總線不同，NVME是走PCIe總線，DIMM 是內存總線，所以DIMM 性能相比于PCIe的性能好一些。后續(xù)我的博客會介紹一些SATA,SAS,PCIe,NVMe 這一些之間的區(qū)別。

問題背景和優(yōu)化方向已經(jīng)做了一個總的描述，優(yōu)化的結果 是L0-L1 compaction過程中 如何利用好NVM-PMEM做好算法的設計，也就是MatrixKV的 設計核心MatrixComtainer。

MatrixKV 設計細節(jié)

整體架構介紹

MatrixKV 在LSM 整體設計中 用了組合存儲，即DRAM，NVM-PMEM,SSD。
這里需要補充一點，減少Write-Stall 方法 在上文中的表述可以歸納為兩方面：

1. 加速L0->L1 compaction的速度，也就是單位時間內完成compacion的數(shù)據(jù)總量越大越好
2. 減少L0->L1 compaction 與 Higher Level compaction的資源競爭問題

所以MatrixKV 除了設計了全新的L0->L1 compaction算法，還將L0->L1的compaction和Higher Level compactions 分布在不同的存儲介質上，把Higher Level compactions 單獨放在SSD 上， 這樣就不會有I/O資源的競爭問題了。

整體MatrixKV的設計架構如下圖

架構圖中的基本組件及其作用如下：

• DRAM: 繼續(xù)保存mem/imm
• NVM-PMEM: MatrixContainer 來保存L0的key-value數(shù)據(jù)存儲 以及 L0->L1的compaction調度
• SSD：保存更高層的SST文件 以及 按照rocksdb原生compaction邏輯調度compaction

寫入流程如下：

1. rocksdb原生邏輯，先更新DRAM中的memtable, memtable寫滿之后切換為immutable memtable
2. imm flush到處于 NVM-PMEM中的matrix containter，又Receiver 組件負責接受flush的k-v數(shù)據(jù)，并通過pmdk寫入到NVM-PMEM之上
3. receiver 切換為compactor 調度 column compaction
4. column compaction結果最終會形成一個個SST文件落在SSD上的L1層，由后續(xù)compaction在更高層按照rocksdb的原生邏輯調度。

接下來詳細看一下Matrix Container組件及其設計細節(jié)。

Matrix Container介紹

Matrix container 可以看作是一個新的數(shù)據(jù)管理結構。

主要有兩個協(xié)調組件和一個k-v數(shù)據(jù)存儲結構 以及 NVM-PMEM空間管理結構：

• Receiver，負責接受imm的數(shù)據(jù)，轉化為一個RowTable 存儲，并為這個RowTable分配一個唯一標識的遞增編號
• Compactor，當Receiver存儲的RowTable總大小達到了Matrix Container容量的閾值（比如60%），切換為Compactor，將多個RowTable 按列并結合L1的sst文件 觸發(fā)Column Compaction。
• RowTable ，行表。每一行存儲一個imm，使用的是pmdk 的 底層pmem相關接口寫入到持久內存中。
• space-management ，為Receiver分配以page為粒度的存儲空間，回收compaction完成compaction之后的空間。

Receiver

Receiver 主要用作保存來自memtable的數(shù)據(jù)，準確的說是immtable中的數(shù)據(jù)，這一個過程是imm從DRAM中調用flush操作完成的。每一個imm 會被Receiver序列化為一個單行的RowTable，RowTable會得到一個持續(xù)遞增的編號標識自己，同時追加寫入到Matrix Container。

當Receiver的中rowtable 的總大小達到了一定的閾值（用戶態(tài)可以配置，比如60%），此時Compactor也是空的。當前的Receiver 會停止接受來自客戶端的flush 并 切換成Compactor。同時，一個新的Receiver會被創(chuàng)建出來接受來自DRAM的imm flush。

這個過程并沒有數(shù)據(jù)遷移，僅僅是兩個組件的狀態(tài)切換 并加上 一些打標簽的過程。這個過程也有點像active memtale和 immutable memtable 之間的切換。

RowTable

Receiver接受到的一個imm k-v 序列化為一個RowTable，詳細格式如下

可以看到rowtable中主要分為兩個數(shù)據(jù)存儲區(qū)域：Data, Metadata

• Data ： 有序存儲key-value數(shù)據(jù)，value緊挨著key存儲。（memtable有序，flush的key-value數(shù)據(jù)默認是有序的）
• Metadata：包含： 索引key、該key在Data區(qū)域的偏移地址 offset、該key 在Data區(qū)域的頁面Page（邏輯頁，代碼中默認大小是256KB,這個大小也是NVM的基本配置單元）、還有一個pointer，用來加速Matrix Container中的讀，指向前一個RowTable 大于當前key的key index。

通過如上圖也可以看到RowTatable和SST文件的差異，除了Metadata中的block差異，其他方面還是比較相似的。

Compactor

compaction 主要是用來從L0 和 在SSD上的L1中的sst文件選擇能夠進行merge的key-value，并將完成合并的數(shù)據(jù)形成SST文件寫到L1中。加速 column compaction的過程其實是通過NVM-PMEM的 一個特性：支持按照字節(jié)尋址的能力。也就是之前在SSD上以block(4K)為單位讀取數(shù)據(jù)，而在NVM-PMEM中 最小的讀取單元是(256B)，這大大減少了compaction的開銷。

compactor會根據(jù)用戶態(tài)的配置，將一列keys形成一個column，然后按列進行compaction。當然，compactor本身也會有column compaction的觸發(fā)限制，沒有達到限制并不會觸發(fā)column compaction。

關于column compaction的細節(jié)后續(xù)會詳細描述。

Space management

因為Matri Container 是通過pmdk直接操作NVM-PMEM，需要涉及到空間管理。畢竟人家PMEM只是一個存儲設備，如何使用PMEM自己內部是不會感知的。

Matrix KV 維護了一個free list 鏈表 用來管理整個matrix container的空間。當column compactions完成之后會釋放掉一部分空間，如果釋放的空間包含一個page,這個空閑page會被添加到freelist。Receiver 為RowTable分配空間時會從free list取空閑頁。

論文中的數(shù)據(jù)貌似有問題，8G的contianer 中一個page配置的是4Kb，竟然只用了2^11 個節(jié)點就能表示，這里我理解應該是2^20個，或者作者配置的是4M一個page。

比如 代碼中默認一個page大小是256KB，則一個8G的container包含 2^15個節(jié)點，每一個鏈表節(jié)點區(qū)數(shù)據(jù)使用unsignint 4byte表示，再加上一個8bytes的指針，鏈表節(jié)點的元數(shù)據(jù)總共只需要12bytes存儲。也就是2^14 個節(jié)點只需要384KB的存儲空間。

Column Compaction介紹

主體過程就是拿著L1 sst文件的key range 和 matrix container中的compactor形成的column 按行匹配，滿足匹配規(guī)則的就將維護的column 和 L1的sst文件進行匹配，最終形成新的sst文件。

觸發(fā)column Compaction的要求是Receiver中擁有的RowTable的大小達到了一定量，比如60%，則切換為Compactor之后，comapctor直接就開始調度column compaction相關的邏輯了。實際的代碼中維護了三個水位，類似與之前L0 compaction trigger，slow, stop三個大小。

uint64_t Level0_column_compaction_trigger_size = 7ul * 1024 * 1024 * 1024;  //7G trigger
uint64_t Level0_column_compaction_slowdown_size = 7ul * 1024 * 1024 * 1024 + 512ul * 1024 * 1024;  //7.5G slowdown
uint64_t Level0_column_compaction_stop_size = 8ul * 1024 * 1024 * 1024;   //8G stop

大家看代碼的過程中相關的規(guī)范/可讀性 其實可以忽略的，畢竟是學術界的論文demo

完整拆分后的形態(tài)如下：

整個column compaction的過程可以分為以下七個詳細步驟：

1. MatrixKV 將key range 按照L1 層的SST文件進行切分。
   
   比如上圖，L1上的幾個SST文件，每個SST文件有smallest_key和largest_key。那么最終的劃分的key_range間隔是
   [1,3], [3,8],[8,11], [11,12]… [33,36]，這一些key_range會被放在一個vector中{1,3,8,11,12,15,…36}

2. Column compaction 會選擇第一個key_range 作為開始，如上圖中的[1,3]

3. 接下來進入到了Matrix Container中的compactor，這里此時有多個RowTable，啟用多線程并發(fā)讀Rowtable，按列逐個匹配RowTable中的key，看該key是否在挑選的L1的第一個key_range [1,3]。這里啟用的多線程數(shù)目經(jīng)過測試，維持在8個，如果此時 compactor 中有16個RowTable，則每個線程負責讀2個RowTable即可。

4. 匹配的過程中除了要求 RowTable的列上滿足在L1挑選的key_range內，如L1的第一個range [1,3]比column中的第一列的某個key 4小，那么將維護的key_range的vector中的下一個range 添加進來，即[3,8]，并和[1,3]合并為[1,8]繼續(xù)進行匹配。 當一個Column中的key的數(shù)量/滿足RowTable的文件大小超過了閾值（默認2個），則形成一個Column boundary。

   這個boundary 按照列分割了整個compactor中的RowTable。

5. 基于RowTable中的key 邊界構建一個邏輯層的Column.

6. 一個Column data 會拿著已經(jīng)構建好的 key的boundary，也就是key_range和L1中有重疊key的SST文件進行Merge。
   Merge的過程也是將MatrixContainer以及L1中目標數(shù)據(jù)讀取到內存中，進行歸并排序

7. 最終的結果會按照SST文件的targe大小形成一個或者多個SST文件，后續(xù)的compaction會在SSD上啟用原本rocksdb的邏輯進行。

需要注意的是第一個column compaction L1并沒有sst文件可供劃分key_range,這里是通過判斷 已經(jīng)選擇的Column 大小是否超過了4個，超過了直接進行column compaction。直接從3步開始，并沒有匹配L1 key_range的邏輯了。

對于Column Compaction的總結

1. column compaction的性能提升（加速L0->L1 compaction）的根源還是 利用了NVM-PMEM的按照字節(jié)尋址（256B）的能力，Matrix Container中的讀寫都是通過pmdk來直接操作PMEM的。而這樣形態(tài)的compaction也是為了適配PMEM 本身的形態(tài)。
2. 另一個減少WriteStall 的方式則是通過對分離NVM和SSD，兩種compaction的IO帶寬互不影響。
3. 再補充一個論文中降低寫放大的優(yōu)化是通過降低LSM的層數(shù)，加大每一層的容量來做的。即WAM= n*AF，保持AF不變的情況下（本身并沒有優(yōu)化L1以上的compaction邏輯），所以降低層數(shù)能夠直接降低寫放大。

論文中沒有直接對比Column Comapction和 rocksdb原生的subcompaction的邏輯，這是一個奇怪的地方。

讀加速 Cross-row Hint Search

因為L0的存儲結構相比于SST文件已經(jīng)發(fā)生了變化，所以需要保證L0的讀能力（RowTable中并沒有像SST文件那樣的filter block和index block）如果不做任何優(yōu)化，那就相當于在每個 rowtable 幾十萬條key中做二分查找，每一層都得做，這代價顯而易見無法接受。

不選擇bloom filter的原因如下：

1. 會帶來額外的開銷在構建filter 上，這個構建過程需要每一個key參與
2. bloom filter對點查友好，但對range scan并不友好

只需要在每個RowTable中引入和key數(shù)量一樣的一個指針（8bytes），再構建RowTable的過程即可完成指針的指向。
類似如下圖：

1. 每個RowTable內是有序的，這個指針只需要指向前一個RowTable第一個不小于自己key的節(jié)點即可。比如，RowTable3中的7 指向RowTable2中從左向右的第一個不小于自己key的節(jié)點8，依次每個rowtable的節(jié)點都指向前一個不小于自己的節(jié)點。

2. 查找的過程就類似于跳表。每一層rowtable通過 pointer可以定位一個目標key的左右邊界，不用對一整層rowtable的key進行查找。

   比如查找12
   a. 二分查找定位到12 在10和13之間，10和13各自的pointer向下查找
   b. 到了第RowTable2，可以確定的12左右邊界是在8,13之間
   c. 依此繼續(xù)向前，直到rowTable0

首先查找的肯定是最新的rowTable3， 因為數(shù)據(jù)是最新的。

MatrixKv 寫入完整流程

如下圖：

1. 寫入邏輯先寫 WAL , 設備掉電，能夠保存Mem/imm中的數(shù)據(jù)，繼續(xù)flush rowtable
2. 更新DRAM 中的mem，mem滿了switch 為只讀的imm，并創(chuàng)建一個新的mem
3. imm flush 到PMEM中，被Receiver序列化形成Matrix Container中的一個RowTable
4. Receiver中的RowTable總容量達到了閾值，切換為Compactor
5. Compactor 調度Rowtable和L1的 SST文件進行 column compaction
6. column compaction的合并過程還是在DRAM中進行，column compaction完成，更新column 的元信息（smallest_key, largest_key, keys_num）到MANIFEST中，方便掉電之后重放 Matrix Container中的 column compaction
7. column compaction的結果 會形成SST文件寫入到SSD層的L1中，后續(xù)在SSD上按照原生rocksdb的邏輯調度更高層的compaction。
   
   相比于原生rocksdb的邏輯，主要不同的是3，4，5步。

MatrixKV 讀取完整流程

讀取的過程就是逐層讀取了，如下圖。

MatrixKV 性能

這個性能應該是db_bench的測試數(shù)據(jù)，總體體現(xiàn)的優(yōu)勢是在隨機寫場景大value下有較為明顯的收益。
而且讀性能并不弱于參與對比的其他rocksdb模型，當然這個隨機寫吞吐提升的數(shù)據(jù)還需要測試。

在長尾收益中，因為有效提升了L0->L1 compaction的效率，所以長尾收益看起來還是很明顯的。相比于其他的LSM 優(yōu)化：

• SILK 是本身做了Flush、L0->L1 compaction 以及 Higher Level compactions的優(yōu)先級調度，保證Flush以及L0->L1的compaction被優(yōu)先調度，它在長尾的優(yōu)化效果中還是很明顯的。而Matrix KV比它還好，這個數(shù)據(jù)需要測試。
• Pebblesdb 為了減少寫放大，引入了類似于跳表節(jié)點的gurad，且允許 guard 內部的sst文件有重疊。間接增加了讀放大，所以pebblesdb的長尾數(shù)據(jù)是合理。

看到長尾優(yōu)化這里有這么明顯，還是比較吃驚的，數(shù)據(jù)待測試中。

還有一組寫放大的優(yōu)化效果，這個數(shù)據(jù)是通過降低了LSM的層數(shù)，增大單層內的LSM空間（論文中給的是扁平化LSM tree的說法），優(yōu)化效果看起來也比較直觀。

總結

Matrixkv 通過與NVM-PMEM的結合， 在write stall 和 寫放大上有一定的優(yōu)化。

write stall 優(yōu)化有兩方面：

• 主要是通過NVM-PMEM的字節(jié)尋址能力，加速了Matirx Container上 的column compaction 來降低write stall。
• 引入DRAM --> NVM-PMEM --> SSD 的存儲形態(tài)，將compaction的IO搶占分開，互不影響

讀上的優(yōu)化：
在L0 的Matrix Container中 引入了Cross-row hint search，比較有借鑒意義。通過forward pointer加速讀性能（縮減每次Get的key 范圍）。

寫放大的優(yōu)化：
扁平化LSM，降低層數(shù)，增加單層容量。

存在的問題是，Column compaction并沒有直接和rocksdb原生的sub_compaction 性能進行對比，相比于原生rocksdb性能是否能在L0->L1 compaction的速度進一步提升有待測試。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的LSM 优化系列（六）-- 【ATC‘20】MatrixKV : NVM 的PMEM 在 LSM-tree的write stall和写放大上的优化的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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