1.安裝cytoscape：

BInGO為cytoscape軟件的插件，因此要使用BinGO，應先安裝cytoscape。

cytoscape的安裝非常簡單，由于cytoscape為java軟件，安裝之前在自己的電腦中提前安裝java 的JDK 安裝方法見：https://www.omicsclass.com/article/298

之后到cytoscape官網下載最新版本安裝就好：http://www.cytoscape.org/

2.安裝BinGO插件：

在主菜單找到Apps manager：

再找到BinGO安裝就好了，時間可能有點久耐心等待一會：

3.BinGO的使用：

還是在 Apps找到剛才安裝的BiNGO，點開：

數據準備1：

使用之前先下載物種最新的GO注釋文件，以擬南芥為例：

找到擬南芥，這個注釋文件包含的兩列對這里的分析是有用的，分別是Gene ID和GO 功能注釋。但文件還包含了其他信息，如symbol，基因的物理坐標信息，UniProt ID等：

將剛剛下載的gene_association.tair 導入到 BiNGO中

數據準備2：

相同界面，點選Ontology?在界面內，找到“go-basic.obo”并下載

“go-basic.obo”可以使用文本文件打開。里面記錄了GO term 間的關系，依據這些關系，GO term最終將被化成網絡圖的形式。找到 select ontology file的窗口，選擇custom，然后導入。

參數設置

1.點擊Paste Genes from Test，然后將待富集的基因的名稱復制到內容框中(用空格或換行符分開)。這里使用擬南芥的10個基因來測試(10個蛋白激酶)：At1g17240 At1g17250 At1g18890 At1g74740 AT2G02780 At2g26980 AT3G03770 At3g45640 AT4G33950 At5g01810 AT5G14210 AT5G63410 。其他選擇默認參數，然后點擊“Start BiNGO”運行。

結果：

GO富集結果：

一個文件屬于彈窗，另一個存儲在輸出文件夾中(內容相同)。P值請參考 “Corr p-val”。第五列和第六列列出了這類功能基因在目標基因集合和全基因組基因中的比例。

另外GO分析網絡圖結果，顏色越深越富集，下面的表格為詳細的富集信息：

xx：目標基因中此類基因的個數；

X：目標基因的總個數；

nn：基因組中此類基因的個數；

N：基因組基因的總個數

最后，如果是非模式物種就要自己準備物種所有基因的GO注釋文件：

第一行固定，下面為物種所有基因對應的GO號，注意前面的GO：省略，可以用blast2GO，或者InterProScan得到。

然后輸入到Select organism/annotation運行：

結果如下：

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的cytoscape插件下载_cytoscape插件BinGO安装以及GO富集分析和网络可视化的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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