回归 统计绘图_手把手教绘制回归分析结果的森林图「GraphPad Prism和Excel」
在之前的內(nèi)容中,我們講到通過展示森林圖,可以更加直觀的將回歸分析結(jié)果可視化。詳見:一文帶你玩轉(zhuǎn)森林圖!
在本期內(nèi)容中,我們來實(shí)際操練一下,介紹幾款常用的軟件,教大家繪制出高質(zhì)量的森林圖。
下面我們以2016年發(fā)表在JACC雜志上的一篇文章《A Prospective Natural History Study of Coronary Atherosclerosis Using Fractional Flow Reserve》為例,利用文章中的Table 3多因素回歸分析的結(jié)果來繪制森林圖。
GraphPad Prism——論文繪圖必備
GraphPad Prism是一款專門為醫(yī)學(xué)專業(yè)人士設(shè)計(jì)的繪圖軟件,同時也兼顧統(tǒng)計(jì)分析的功能,操作便捷,可以幫助我們輕輕松松繪制出高質(zhì)量的專業(yè)圖形,簡直就是科研人員的福利。
下面我們以GraphPad Prism 7為例,來介紹一下如何繪制回歸分析結(jié)果的森林圖。
1. 新建GraphPad Prism文件
在New Table & Graph下選擇Column,利用軟件提供的Metanlysis(Forest)plot教程數(shù)據(jù)新建一個GraphPad Prism文件。
2. 錄入數(shù)據(jù)
按照軟件提供的教程數(shù)據(jù)模板,錄入對應(yīng)的變量名稱、HR值以及95% CI。
3. 點(diǎn)擊Graphs下級目錄中的Metanalysis,即可發(fā)現(xiàn)軟件已經(jīng)自動生成了一個森林圖雛形,但是我們還需要對圖形的一些細(xì)節(jié)進(jìn)行進(jìn)一步調(diào)整。
4. 調(diào)整坐標(biāo)軸:雙擊坐標(biāo)軸,進(jìn)入Format Axes界面
4.1 首先,在Frame and Origin選項(xiàng)卡中設(shè)置坐標(biāo)軸的起點(diǎn)(即無效線的坐標(biāo)點(diǎn)),圖形的形狀、大小、位置,坐標(biāo)軸的顏色、厚度等參數(shù)。
4.2 然后,在X axis選項(xiàng)卡中設(shè)置X軸的參數(shù),主要包括刻度范圍,刻度方向、長度,X軸的起點(diǎn)和增量等信息,同時在Titles & Fonts選項(xiàng)卡中設(shè)置變量名稱與Y軸的距離。
5. 調(diào)整圖形元素:雙擊圖片,進(jìn)入Format Graph界面
5.1 首先,在Appearance選項(xiàng)卡中設(shè)置圖形各個元素的細(xì)節(jié),包括顏色、形狀、大小、厚度等信息。
5.2 然后,在Data Sets on Graph選項(xiàng)卡中調(diào)整變量名稱的順序。
此時再次點(diǎn)擊Graphs下級目錄中的Metanalysis,發(fā)現(xiàn)經(jīng)過調(diào)整后的森林圖如下圖所示,已經(jīng)基本符合要求了,但總覺得少一些什么。
6. 插入數(shù)據(jù)文件
如果想在森林圖中進(jìn)一步添加HR值、95% CI及對應(yīng)的P值,可以在圖形處單擊右鍵,選擇Insert Object → Excel Object,插入一個Excel文件,錄入對應(yīng)的數(shù)值即可。最終生成的森林圖如下所示,就可以直接導(dǎo)出放在文章中了哈。
Excel——辦公居家標(biāo)配
Excel作為Office辦公三件套的標(biāo)配之一,其處理數(shù)據(jù)和繪圖的功能也是非常豐富的,它的強(qiáng)大足夠超乎你的想象。相信大家對Excel的操作已經(jīng)很熟悉了,那么怎樣利用Excel繪制森林圖呢?
我們以Excel 2013為例,雖然Excel里并沒有直接提供繪制森林圖的圖形模板,但我們可以另辟蹊徑,通過選擇“插入→ 圖表 → 所有圖表 → 股價圖 → 收盤圖”來繪制森林圖的雛形,如下圖所示。
(Excel中錄入數(shù)據(jù))
這是一個旋轉(zhuǎn)了90°的森林圖,我們在上一期內(nèi)容中也介紹了類似的森林圖,這種類似的圖也經(jīng)常能夠在文獻(xiàn)中看到,例如2018年發(fā)表在Arterioscler Thromb Vasc Biol雜志(影響因子:6.6)的一篇文章《High-Density Lipoprotein Cholesterol and Mortality Too Much of a Good Thing?》。
文中為了表達(dá)HDL-C水平與全因死亡之間的關(guān)聯(lián)性(HR值),就采用了這種旋轉(zhuǎn)了90°的森林圖來表達(dá)分析結(jié)果,是不是和上面用Excel做出來的森林圖雛形很相似呢。根據(jù)這種繪圖風(fēng)格,小咖深深懷疑這6.6分文章里的森林圖就是用Excel搞定的。。。
下面,在這個圖形的基礎(chǔ)上,我們可以對圖形的一些細(xì)節(jié)進(jìn)行加工,包括字體、顏色、坐標(biāo)軸刻度、交叉點(diǎn)等等(此處省略……字),修改完之后再將圖形旋轉(zhuǎn)回來就OK了,如下圖所示。
操作過程好像聽上去很簡單,不過大家可能更關(guān)心的是“此處省略……字”的這個部分,到底怎樣對圖形的細(xì)節(jié)進(jìn)行調(diào)整呢?
沒關(guān)系,為了盡可能給大家提供方便,小咖已經(jīng)做好了一個Excel圖表的模板(ForestPlot.crtx),安利給大家。可以把這個文件放在Excel默認(rèn)的模板目錄下面,小咖電腦中的目錄為
(C:甥敳獲AdministratorAppDataRoamingMicrosoftTemplatesCharts),大家可以根據(jù)自己電腦安裝的目錄進(jìn)行尋找。
然后,當(dāng)我們再次打開Excel時,選擇“插入→ 圖表 → 所有圖表 → 模板”,就可以看見添加進(jìn)去的森林圖模板了。有了這個模板,大家就可以把自己的數(shù)據(jù)直接Copy進(jìn)去就大功告成啦。
此外,如果還是覺得上面的森林圖顯得有些單薄,我們還可以將做好的森林圖再插入到Excel的表格中,把圖形和數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)合,使得看上去更加高大上哈。
參考文獻(xiàn):
[1] J Am Coll Cardiol. 2016;68:2247-55
[2] Arterioscler Thromb Vasc Biol. 2018; 38:669-72
(有需要GraphPad模板和Excel圖表模板的伙伴,可以電腦打開醫(yī)咖會官網(wǎng),直接下載:
https://www.mediecogroup.com/method_topic_article_detail/183/)
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總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的回归 统计绘图_手把手教绘制回归分析结果的森林图「GraphPad Prism和Excel」的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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