自交不親和性涉及到植物對“自己”還是“異己”的識別，自交不親和性在遺傳上需要標記個體身份的特異性，在群體中需有這種身份標記的多樣性。大多數植物的自交不親和性是由單一的復等位基因位點控制，稱為S位點。S位點一般包含兩類基因：決定花柱識別特異性的花柱S基因和*決定花粉識別特異性的花粉S基因。不同的花柱S等位基因與其緊密連鎖的花粉S等位基因構成不同的S單倍型。自交不親和性分為孢子體自交不親和性和配子體自交不親和性兩種類型。1、孢子體自交不親和的花粉親和與否的表型由產生花粉的二倍體親本（即孢子體）S基因型決定，主要存在于油菜、擬南芥等十字花科植物中。2、配子體自交不親和的花粉表型由單倍體花粉（即配子體）自身的S基因型決定，分布最為廣泛的是一種稱為S核酸酶類的自交不親和性，主要存在于茄科、薔薇科、車前科等植物中。在正選擇和平衡選擇等作用下，植物自交不親和性的S單倍型快速進化，在群體中始終維持著低頻多態的水平。研究發現，自然群體中S單倍型的類型可達上百個之多。

研究發現與基因有關。基因S-RNAse在雌蕊上扮演著調控自交不親合的角色。這個基因有許多版本的對偶基因，為了讓受精作用能夠發生，精卵要帶有不同的對偶基因。當花粉沾到了柱頭時，柱頭上的蛋白質就會去分辨花粉的S對偶基因是否和自己的是同一版本。如果是不同的版本，花粉才允許申出花粉管把精子送到子房內完成受精。如果該基因為同一版本，柱頭則會排斥該花粉。

總結

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