等位基因共占法是怎样的一种方法?
生活随笔
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等位基因共占法是怎样的一种方法?
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補(bǔ)充一點(diǎn):在受累同胞對(duì)(Affected sib pair, ASP)分析中,當(dāng)標(biāo)記位點(diǎn)與疾病無連鎖時(shí),雙親的標(biāo)記位點(diǎn)等位基因隨機(jī)分配給子代;若存在連鎖,則受累同胞間共有等位基因機(jī)率將高于連鎖時(shí)的預(yù)期值。家系成員(APM)分析是ASP的延伸,通過觀察家系內(nèi)所有患病成員標(biāo)記位點(diǎn)等位基因的共有情況,來提高每個(gè)家系的信息量。原則上,若具備雙親樣本材料,可據(jù)此判定受累同胞的相同等位基因片段是否同源,即傳遞一致性(identical-by-descent, IBD)分析;若無雙親資料,則只能通過同胞間等位基因比較來推測(cè)其是否共有,即狀態(tài)一致性(identical-by-state, IBS)分析。若雙親均為純合子以致判斷困難者,可經(jīng)統(tǒng)計(jì)處理用最大擬然實(shí)驗(yàn)估測(cè)出最可能的傳遞情況。
等位基因共占法是基于觀察受累同胞或家系成員間標(biāo)記位點(diǎn)等位基因的共占情況,即來源于同一祖先的致病基因由受累的親屬共占的機(jī)率大于隨機(jī)分布的機(jī)率,包括受累同胞對(duì)(Affected sib pair, ASP)分析及家系成員(APM)分析。該法優(yōu)點(diǎn)是:①不受遺傳模式等遺傳參數(shù)影響,為非參數(shù)分析法;②對(duì)系譜材料要求低,只需一代或二代的家系內(nèi)患病成員資料,而不需非患病成員資料;③可進(jìn)行定量性狀研究;④ 可研究?jī)蓚€(gè)不相連鎖位點(diǎn)對(duì)疾病的聯(lián)合作用,以解決復(fù)雜病易感基因間的相互關(guān)系;⑤對(duì)遺傳異質(zhì)性容許度大;⑥在候選基因研究中可應(yīng)用間距較遠(yuǎn)(~20cM)的標(biāo)記,故特別適合多基因遺傳病及參數(shù)情況多數(shù)未明的復(fù)雜病研究。缺點(diǎn)在于:①對(duì)連鎖的判別效能弱于家系連鎖分析,不能確定連鎖程度;②檢出力低于相關(guān)分析;③若家系中雙親均為患者的機(jī)率較高時(shí),因易感基因可由雙親傳遞給子代,會(huì)影響分析正確性。
等位基因共占法是基于觀察受累同胞或家系成員間標(biāo)記位點(diǎn)等位基因的共占情況,即來源于同一祖先的致病基因由受累的親屬共占的機(jī)率大于隨機(jī)分布的機(jī)率,包括受累同胞對(duì)(Affected sib pair, ASP)分析及家系成員(APM)分析。該法優(yōu)點(diǎn)是:①不受遺傳模式等遺傳參數(shù)影響,為非參數(shù)分析法;②對(duì)系譜材料要求低,只需一代或二代的家系內(nèi)患病成員資料,而不需非患病成員資料;③可進(jìn)行定量性狀研究;④ 可研究?jī)蓚€(gè)不相連鎖位點(diǎn)對(duì)疾病的聯(lián)合作用,以解決復(fù)雜病易感基因間的相互關(guān)系;⑤對(duì)遺傳異質(zhì)性容許度大;⑥在候選基因研究中可應(yīng)用間距較遠(yuǎn)(~20cM)的標(biāo)記,故特別適合多基因遺傳病及參數(shù)情況多數(shù)未明的復(fù)雜病研究。缺點(diǎn)在于:①對(duì)連鎖的判別效能弱于家系連鎖分析,不能確定連鎖程度;②檢出力低于相關(guān)分析;③若家系中雙親均為患者的機(jī)率較高時(shí),因易感基因可由雙親傳遞給子代,會(huì)影響分析正確性。
總結(jié)
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