解螺旋公眾號(hào)·陪伴你科研的第1869天

繼續(xù)學(xué)習(xí)如何不做實(shí)驗(yàn)發(fā)文章

RNA結(jié)合蛋白是(RNA binding protein，RBP)細(xì)胞中一類可以識(shí)別特殊的RNA結(jié)合域與RNA互作，并參與RNA剪切、轉(zhuǎn)運(yùn)、序列編輯、胞內(nèi)定位及翻譯控制等多種轉(zhuǎn)錄后的調(diào)控過(guò)程中。

既然RBP功能這么重要，那么有什么辦法研究RBP與RNA相互作用呢？還是StarBase這個(gè)神器(http://starbase.sysu.edu.cn )

這個(gè)神器可以研究RBP與多種RNA的相互作用，包括mRNA、lncRNA、pseudogene、sncRNA、circRNA。點(diǎn)擊選擇你感興趣的項(xiàng)目，即可進(jìn)入數(shù)據(jù)展示和篩選界面。

工具左邊的欄目的選項(xiàng)和之前文章介紹(往期文章見(jiàn)文章底部)大同小異，主要設(shè)置RNA結(jié)合蛋白R(shí)BP和Target Gene，其他的設(shè)置主要是設(shè)置篩選的范圍和證據(jù)的嚴(yán)格度。

右邊的顯示欄解釋如下圖，用戶可以在上圖里選擇靶基因，也可以在下面的“Search”

“HepG2 (log2FC)”和“K562 (log2FC)”為在這兩種細(xì)胞里，敲降RBP時(shí)gene的表達(dá)變化。點(diǎn)擊“Pan-Cancer”下的數(shù)字后，網(wǎng)頁(yè)會(huì)跳轉(zhuǎn)到顯示在TCGA中的結(jié)果。

點(diǎn)擊“ClusterNum”，跳出結(jié)果顯示框解釋如下：

點(diǎn)擊“ClipExpNum”

點(diǎn)擊“Accesion”可查看證據(jù)數(shù)據(jù)在GEO的數(shù)據(jù)來(lái)源，也可以根據(jù)“Reference”查看證據(jù)的原始文獻(xiàn)。

RBP與Target的相互作用部分的操作，只有RBP-CircRNA的結(jié)果顯示不一樣，結(jié)果界面相對(duì)少一點(diǎn)，其余部分都是一致的。

祝大家能有滿意的實(shí)驗(yàn)結(jié)果！

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的console.log()不显示结果_RNA结合蛋白与RNA的缠绵故事，教你不做实验发文章的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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