寫在前面

四五年前，接觸生物信息的時(shí)候，陰差陽錯(cuò)，我選擇用perl。事實(shí)上，直到嫌我，我還是認(rèn)為我當(dāng)初的選擇，完全正確！。

在做一些小文本的快速處理上，perl在我看來，從來最優(yōu)最快

當(dāng)然，進(jìn)步往往來自于顛覆；如果你不革自己的命，那么自然有人來革了你的命。進(jìn)入博士課題組之后，我們整體商量，最后定下來，課題組的官方編程語言為Python(當(dāng)時(shí)，我強(qiáng)烈建議使用python)。原因有很多，但是perl畢竟是perl，python是目前做生信簡(jiǎn)單數(shù)據(jù)分析比較受推薦的語言。所以，最后我還是要寫python (而且是要把之前一些用java寫的代碼，用python重新寫一遍....)

python碼碼環(huán)境準(zhǔn)備

以前寫Perl，一開始使用txt寫，后來用notepad++，也用了一段時(shí)間的vim，不過整體上目前也沒有變化了，就是直接notepad++。python，號(hào)稱是面向?qū)ο蟆Ｒ粋€(gè)面向?qū)ο蟮恼Z言，如果不用IDE，似乎不是太好。所以最后決定，就用pycharm。

下載與安裝python環(huán)境

直接在python官網(wǎng)下載并安裝對(duì)應(yīng)的python版本，這塊我之前已經(jīng)安裝好了。

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安裝起來，應(yīng)該是不斷下一步就不會(huì)有問題。

下載與安裝pycharm

進(jìn)入官網(wǎng)，點(diǎn)擊下載

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選擇社區(qū)版，畢竟我暫時(shí)不搞Web，不需要使用專業(yè)版

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下載完了，雙擊文件進(jìn)行安裝

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中間有很多設(shè)置，我基本都保持默認(rèn)

隨后看到一個(gè)感覺很不錯(cuò)的特點(diǎn)，似乎支持很多語言

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vim整體上我用得挺多，不過并不是太熟悉。在windows下，鼠標(biāo)來得實(shí)在，所以就不勾選了。但是R語言的支持 bash的，markdown的還是選上。

安裝基本完成，我創(chuàng)建了一個(gè)項(xiàng)目叫做sRNApy。一頓下一步，感覺還不錯(cuò)。不過似乎找不到R環(huán)境。

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那么一定是在設(shè)置之類的地方就可以導(dǎo)入R編譯器(當(dāng)然，導(dǎo)入之前需要自己先安裝好R)

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隨后等待pycharm構(gòu)建一些索引？可能是用于語法高亮？

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然后關(guān)閉重啟，似乎就可以了

環(huán)境配置就這樣吧

先來一段題外話，因?yàn)槲疫€是比較關(guān)心。是否pycharm可以從某個(gè)層面上來說，替代Rstudio，畢竟有時(shí)候Rstudio用著不是太順手。試了一下，感覺還可以

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而且還可以自動(dòng)保存PDF...

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可能稍微配置一下，就可以像Rstudio一樣了。然而這個(gè)不是主題，不整了。

刪掉R腳本，開始正式的python碼碼生活

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的生物信息 python 书籍_用python做生物信息数据分析（1-环境准备）的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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