隨著學(xué)習(xí)的不斷深入，分析的數(shù)據(jù)越來越多。你會發(fā)現(xiàn)，日常生信分析不過是調(diào)用一些相同的函數(shù)或者包分析不同的數(shù)據(jù)，換湯不換藥。

那么，如何把分析過程流程化，讓數(shù)據(jù)像工廠的流水線一樣自動被處理？

最簡單的法子，就是用shell命令寫個for循環(huán)。

進階還可以設(shè)置下多進程（參考梨醬：[Linux 1] Shell“ 多線程”，提高工作效率）。

但是，用shell寫流程存在一些問題：

- shell 命令一旦斷掉，如何判斷中間文件的完整性？ - 下次想要修改流程，重新修改shell 腳本太麻煩！ - 想刪掉/保留中間文件，但是代碼好復(fù)雜？ ......

有沒有更簡捷、少掉頭發(fā)的辦法，把分析的過程“組裝”到一起，讓電腦“自行”處理數(shù)據(jù)呢？

那就趕緊用 Snakemake 吧！！！

（Snakemake 翻成中文是“盤蛇”？Σ(っ °Д °;)っ誤）

為什么要用 Snakemake ？

Snakemake的優(yōu)點：

- 支持多線程 - 支持?jǐn)帱c運行 - 支持shell命令，還可以和 Python 庫結(jié)合使用

行，現(xiàn)在我們知道 Snakemake 比 shell 更好用了。

搓手手，那么如何使用 Snakemake 呢？

來試試?yán)踝?~

0. 安裝 snakemake

conda install -c bioconda snakemake -y # -y 表示安裝時不詢問

1.簡單入門，合并兩個文件

# 創(chuàng)建兩個文本文件 echo "a" > a.txt echo "b" > b.txt# 創(chuàng)建一個 snakefile 文件 $ touch snakefile# 打開 snakefile 并寫入以下代碼，然后保存退出 rule test: # 類似Python中的def func，用rule定義一個名為“test”的流程input: # 定義"test"流程中的輸入文件expand("{file}.txt", file=["a", "b"]) # snakemake流程中的替換文件的規(guī)則，類似于shell中的*.txtoutput: # 定義“test”流程中的輸出文件merged.txt # 輸出文件名shell: # 表示我們執(zhí)行的shell命令cat {input} > {output} # 將我們定義的輸入文件用cat命令合并輸出到output定義的文件# 在shell中運行 $ snakemake

你會發(fā)現(xiàn)，Snakemake 定義的 rule 分為 input、output 和 shell 三個部分。

但是，它只支持 shell 命令嗎？

不，只要你將 shell 改為 run，也可以使用 Python 或者 R 代碼。如下↓

rule test1: # 用rule定義一個名為“test1”的流程input: # 定義"test1"流程中的輸入文件expand("{file}.txt", file=["a", "b"]) # snakemake流程中的替換文件的規(guī)則，類似于shell中的*.txtoutput: # 定義“test”流程中的輸出文件merged.txt # 輸出文件名run: # 輸入并執(zhí)行 Python 代碼data1 = open("a.txt").read() #讀取 a 文件中的所有內(nèi)容data2 = open("b.txt").read() #讀取 b 文件中的所有內(nèi)容 data = data1 + data2 # 合并到 data 中

你還可以將 run 改為 scripts，執(zhí)行自定義的 Python 腳本。

2. 將上例延伸——如何合并兩個gtf文件？

rule merge_novel_and_known:input: novel="samples/cuffmerge/novel_transcript_gn.gtf", known=GTFoutput: "samples/new_annotation/all_transcripts.gtf"params: gtf=GTF, fa=FASTAmessage: "--- Merging known and novel transcripts."shell: """cat {input.novel} {input.known} > {output}"""

你能說出每一行代碼的意思嗎？

提示： params 指定程序運行的參數(shù) message 運行該rule時，終端給出的提示信息

其實，每一個 rule 就像是一個代碼模塊積木。

我們利用 Snakemake，先搭建基礎(chǔ)的rule積木，接下來只要按順序把它們放在一起，就可以拼湊出完整的流程！

之后在處理其他類似數(shù)據(jù)時，只需要略微更改目錄等信息，便可復(fù)用流程。

何樂而不為？

3. 進階，如何用 Snakemake 寫 Chip-Seq 分析流程？

提示：
1. [軟件使用 3] 使用MACS2分析ChIP-seq數(shù)據(jù)，快速入門！
2. Writing a RNA-Seq workflow with snakemake. Denis Puthier & Aitor Gonzalez. 2 Nov 2015.

如果有任何問題或者建議，可以在評論中留言~

疫情期間，希望大家都能保護好自己！

在家也可以好好學(xué)習(xí)寫代碼呀~

ヾ(?°?°?)ﾉﾞ

：

梨醬：[R 01] 不要一直用ggplot2啦，嘗試用ggpubr畫圖吧！?zhuanlan.zhihu.com梨醬：[Python 3] 5分鐘學(xué)會3種方法給模塊添加路徑！?zhuanlan.zhihu.com梨醬：[論文寫作 1] 如何用word批量制作三線表？?zhuanlan.zhihu.com

參考：

Snakemake Tutorial.

Writing a RNA-Seq workflow with snakemake. Denis Puthier & Aitor Gonzalez. 2 Nov 2015.

snakemake使用筆記. 井底蛙蛙呱呱呱. 簡書. 2018.

snakemake--我最喜歡的流程管理工具. 徐洲更hoptop. 簡書. 2018.

生物信息學(xué)100個基礎(chǔ)問題 —— 番外5：使用Snakemake快速搭建生信分析流程. 孟浩巍. 知乎. 2019.

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的camunda流程定义表无数据_[Python04] 学习snakemake，三步轻松搭建生信流程!的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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