【佳學基因人工智能】RNA測序數據的信息分析——基因解碼信息源的準備

人的基因信息解碼策略

人的基因信息解碼有兩種策略，一是數據庫比對策略，二是基因解碼策略。數據庫比對策略只能用數據庫中記錄過的案例。由于人的特殊性，常規的基因檢測無法發現臨床中遇到的病人，所以查找基因病的致病原因，基因解碼策略要優與數據庫比對的基因檢測策略。RNAseq是基因解碼策略中獲取原始信息并進行后續的重要一步。

分析工具的選擇

佳學基因出與培訓基因檢測公司的目的，將使用小鼠參考基因組的一小部分（染色體1）來演示如何使用R進行高通量測序數據的比對和計數。將測序數據映射到基因組是一項非常重要的任務，并且有許多不同的比對工具可用，例如bowtie，topHat、STAR和Rsubread。根據佳學基因基因信息分析中心的實際測定，Rsubread是唯一可以在R中運行的基因信息比對分析工具。大多數對齊工具都是在linux環境中運行的，并且計算量非常大。大多數比對任務需要比普通筆記本電腦更大的計算機，因此通常在類似linux的環境中的服務器上完成原始數據的讀取和比對。在這里，佳學基因的生物信息培訓學員只將從智能分析老師準備的小鼠泌乳數據集中的每個樣本抽取1000個數據，學習過程將比對1號染色體。因為佳學基因的主要目的是為了讓基因檢測機構的技術人員可以嘗試使用RStudio筆記本電腦方便的進行數據分析。
軟件包的安裝：
不能從R中直接安裝：會出現下面的結果：
install.packages(“Rsubread”)
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
將程序包安裝入‘C:/Users/yunli/Documents/R/win-library/4.1’
(因為‘lib’沒有被指定)
Warning in install.packages :
package ‘Rsubread’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

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而應當運行如下代碼：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("Rsubread")

出現如下信息：
https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
將程序包安裝入‘C:/Users/yunli/Documents/R/win-library/4.1’
(因為‘lib’沒有被指定)
trying URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.1/BiocManager_1.30.16.zip’
Content type ‘application/zip’ length 328795 bytes (321 KB)
downloaded 321 KB

package ‘BiocManager’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\yunli\AppData\Local\Temp\Rtmpuaqk8c\downloaded_packages

要求更新部分功能

The downloaded binary packages are in
C:\Users\yunli\AppData\Local\Temp\Rtmpuaqk8c\downloaded_packages
Installation paths not writeable, unable to update packages
path: C:/Program Files/R/R-4.1.2/library
packages:
class, foreign, MASS, Matrix, nlme, nnet, spatial
Old packages: ‘broom’, ‘DBI’, ‘fansi’, ‘openssl’
Update all/some/none? [a/s/n]:

更新：鍵盤上敲入：a

有二進制版本的，但源代碼版本是后來的:
binary source needs_compilation
fansi 0.5.0 1.0.0 TRUE

Binaries will be installed
trying URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.1/broom_0.7.11.zip’
Content type ‘application/zip’ length 1814717 bytes (1.7 MB)
downloaded 1.7 MB

trying URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.1/DBI_1.1.2.zip’
Content type ‘application/zip’ length 741837 bytes (724 KB)
downloaded 724 KB

trying URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.1/fansi_0.5.0.zip’
Content type ‘application/zip’ length 248710 bytes (242 KB)
downloaded 242 KB

trying URL ‘https://cran.rstudio.com/bin/windows/contrib/4.1/openssl_1.4.6.zip’
Content type ‘application/zip’ length 3987697 bytes (3.8 MB)
downloaded 3.8 MB

package ‘broom’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘DBI’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘fansi’ successfully unpacked and MD5 sums checked
package ‘openssl’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
C:\Users\yunli\AppData\Local\Temp\Rtmpuaqk8c\downloaded_packages

軟件包安裝成功

檢查是否可以正常調用Rsubread

library(Rsubread)

總結

以上是生活随笔為你收集整理的【佳学基因人工智能】RNA测序数据的信息分析——基因解码信息源的准备的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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