常用

SPM：官網(wǎng)
基于MATLAB，可用于DICOM轉(zhuǎn).nii文件，可預(yù)處理，可做單樣本檢驗(yàn)和組分析

AFNI：官網(wǎng)
Windows系統(tǒng)需要裝linux虛擬機(jī)

FSL：官網(wǎng)
需要linux系統(tǒng)

FreeSurfer：官網(wǎng)
Skullstripping/圖像配準(zhǔn)/Subcortical Segmentation/腦皮層表面重建/皮質(zhì)分割/皮質(zhì)厚度估計(jì)/Longitudinal Processing/Tractography

Pipeline

Nipype：Nipype初學(xué)者指南這個(gè)文檔能夠告訴你Nipype是什么，怎么安裝Nipype以及如何使用。
基于Python，將FSL，SPM12，AFNI，Freesurfer，ANTs，Matlab（其它更多比如：Camino，MRtrix，MNE，Slicer）串聯(lián)起來(lái)，使得你可以方便地調(diào)用這幾個(gè)軟件，創(chuàng)建屬于你自己的神經(jīng)影像處理workflow（流程）。

fMRIPrep：官網(wǎng)
preprocessing pipeline 預(yù)處理管道，與Nipype類(lèi)似，是比較新的一個(gè)pipeline，包含ICA-AROMA

FuNP：preprocessing pipeline
（Park, B. Y., Byeon, K., & Park, H. (2019). FuNP (fusion of neuroimaging preprocessing) pipelines: a fully automated preprocessing software for functional magnetic resonance imaging. Frontiers in neuroinformatics, 13, 5.）

其它

MATLAB工具箱：
drtoolbox降維工具箱
PRTools用于模式識(shí)別的工具箱

分析方法：
PHYCAA數(shù)據(jù)驅(qū)動(dòng)除生理噪聲
是一種方法，基于典型相關(guān)分析（Canonical Autocorrelation Analysis，CAA）
（Churchill, N. W., Yourganov, G., Spring, R., Rasmussen, P. M., Lee, W., Ween, J. E., & Strother, S. C. (2012). PHYCAA: data-driven measurement and removal of physiological noise in BOLD fMRI. Neuroimage, 59(2), 1299-1314.）
ICA-AROMA除fMRI中的運(yùn)動(dòng)偽跡
適用于靜息態(tài)和任務(wù)態(tài)的fMRI數(shù)據(jù)，在fMRIPrep中可以實(shí)現(xiàn)，與censoring等方法不同，需要在運(yùn)動(dòng)校正之前做smoothing
（Pruim, R. H., Mennes, M., van Rooij, D., Llera, A., Buitelaar, J. K., & Beckmann, C. F. (2015). ICA-AROMA: A robust ICA-based strategy for removing motion artifacts from fMRI data. Neuroimage, 112, 267-277.）

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的fMRI数据处理软件一览的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

如果覺(jué)得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯(cuò)，歡迎將生活随笔推薦給好友。